神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙，却不慎破坏了神官们的金殿，无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中，谢怜结识了两位来帮助他的小神官，并认识了诡王花城，四人一同解决了一件件诡谲的事件，并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
超级飞侠们会飞往世界各地不同国家，带领大家领略丰富多彩的地理风光、文化风俗、音乐、美食、动物、游戏等，每次的任务都是一次刺激的、有趣的学习多元文化的旅程。
莫凡强势归来战火院，灼原火劫历沧桑。
斗魂大赛开始了，立志要振兴的唐门的霍雨浩等人代表唐门参赛，赛前唐门大师兄贝贝意外被魔化的恋人小雅打伤，霍雨浩不得不担任唐门的临时指挥人，在霍雨浩的安排下、唐门一路披荆斩棘，战无不胜。可在八强赛中，霍雨浩率领的唐门却对上了王秋儿带领的史莱克学院……
