神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
元初城游神卫？天妖门？灭妖会？煞？ 东宁府大战之后，孟川上元初山之前，谜题能否揭晓——
阳光游学团火星之旅，百变校巴带领大家探索了独特的火星地理环境、见识了神奇的火星自然景象。没想到火星上还存在着许多非同一般的人造天穹，这次百变校巴将和阳光游学团一起进入刺激好玩的极限天穹、荒蛮原始的恐龙天穹、色彩缤纷的昆虫天穹、想象无限的梦幻天穹等等。然而，在他们的冒险中，还有一位新人物出现——灰灰哥哥，作为天穹打工人的他总是无意间引发骚乱。这时，百变校巴立即变身百变形态，应对困难，化解危机，让小朋友们在欢乐和笑声中度过美好的火星之旅。
