神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
一个特殊的科学实验，一场奇妙的异时空探险。 君常笑带着系统来到了星陨大陆，继承了个默默无名的小门派。他必须在一百年内将宗门建设成星陨大陆NO.1，收徒达到十万，若是完不成，系统自爆连带他也会跟着玩完。 为了苟命，为了安全地回到原来的时空。他积极地“开宗立派”，教习收徒。帮派从他一个“光杆司令”，慢慢涨到百人。 大家在君常笑的带领下，盖房种地，抓鸡找狗，还要维护一方安宁随时随地锄强扶弱。 宗门里的徒弟们性格迥异，逗比的君常笑和大家打成一片，温馨的大家庭里欢乐无限。大家在活泼积极的氛围里，相互扶持，快速成长。 宗门养成任重而道远，君常笑带着众弟子上下而求索.....
新的一年，灰太狼贼心不死，依然奔跑在抓羊的征途上。挫折过后，灰太狼从小灰灰那里得到灵感，研制出“衣柜互联网”试图从自家衣橱进入小羊的衣橱。他的研究取得成功，不过去在异度空间和一具奇怪的小衣柜撞上，而小衣柜正是派送各种衣服的快递员。据说只要爱护自己的衣物，并诚心诚意许愿，那么就会得到小衣柜送来的新衣服。为了帮助受伤的小衣柜回到互联网上，喜羊羊、美羊羊、暖羊羊、沸羊羊、懒羊羊齐齐动手要帮助他，在此过程中还结识了小衣柜体内的新朋友：软尺“皮皮”、洗衣板“转转”、织针“尖尖”、七彩线卷“小彩虹”、大嘴鸟剪刀“大嘴”、放大镜“大镜”。 当灰太狼和红太狼得知这一消息后，围绕小衣柜的争夺战接连展开……
林幸一名平平无奇的普通人，一次回家途中受人买了一本“绝世好书”，当他满心期待翻开书目的时候，一阵眩晕，再睁眼的时候发现自己来到一个陌生新奇的世界，而他的人生也从此被改写.....
女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。 问天（马小冀 配音）是南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽（王凯 配音），让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹 配音）从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
这是一个亦真亦幻的世界，梦境和现实完美的对接。很多东西并不是建造出来，而是由每个梦主人用意识所创造的，你有多相信这个梦境，它就有多真实。生活在这个世界里的人基本是分不出现实和梦境的，他们穿梭在现实，别人的梦境，甚至自己的梦境中而不自知。用自己的意识影响别人，也同时受别人影响，整个世界因梦而改变着，变美好，变邪恶。
