神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
漠北当下表面平静，实则暗中涌动。王后述里朵正筹划一场大会，不良帅为探查漠北动向带着一众不良人出现在漠北，以降臣为首的四大尸祖在此期间也来到漠北开了家古董羹店，而神秘的杀人凶手更弄得人心惶惶，几方势力各怀心思....
2300年前，拥有最高圣舞法结界的圣舞场，被混舞族的萨利将军偷袭成功，被占领最高舞法结界的圣舞族立刻陷入恐慌，因为只要持续365天，圣舞场就会彻底崩塌毁灭。圣女王将带回炫彩舞光和璀璨战舞的任务，交给碧巧和紫萱圣女。圣舞族希望借助天女们的舞法能量修复被毁坏的圣舞场。另一方面，受混乱将军指使，卤渣和甘草也来到现代世界阻止两圣女找寻天女们，并协同人类世界的混族狂澜释放捣蛋玩偶使城市陷入噩梦的笼罩。 三天女从开始的矛盾到互相信任，互帮互助共同解决捣蛋玩偶，不断成长。而混徒趁机释放噩梦种子，让整座城市陷入噩梦之中。面对危机，三天女能否战胜自我，合力对抗混徒的阴谋，解除噩梦危机让城市恢复到和平之中？
饕餮大军降临天河市，雄兵连奉命出战。在开战惨遭先手的情况下，有序重新组织队伍组织反击，以南海舰队的全部火力一举击沉饕餮先头部队的主力火力舰后最终取得胜利。但与此同时，天使集团、恶魔集团的行动渐渐浮出了水面，世纪大战一触即发！
鸿蒙古时、混沌初开，天地孕育了一种奇物，不知几世几劫，这奇物竟碎裂十八片！谁能想到威震宇内的神尊、气吞天地的神兽、移山填海的天地异宝、广袤无边的奇幻仙境、妖娆迷人的绝世妖姬，竟然都是这上古奇物的碎片所化！由神为人，再由人化神，落魄神人云长空因得到一尊战鼎，走上不平凡之路。且看云长空如何发现惊天秘密，重现上古时期号令众神魔的辉煌！战鼎显、神魔出、回归上古，号令三界！
萧炎为唤醒老师药老，来到帝都参加炼药师大会，却因过人实力而被意图不轨的敌人暗算。危急关头，萧炎力挽狂澜成功夺冠，维护了加玛帝国荣誉。解开心结的萧炎，迎接即将到来的三年之约……
