神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
玉皇大帝就把谁都不愿意干的、整理天庭档案的工作交给了他们。几位成员没想到，天宫里所记录的档案是 “体验式”的，每一个管理员可以介入该档案所记录的事件回忆中进行体验。 于是，夺宝旅行团的一行人由此开始了一场场改写档案的新奇历险。
公元397年，风景秀丽的张家界，以黑心虎为首的魔教放火烧山，荼毒生灵，欲抓森林之灵兽玉兽麒麟，妄图借喝麒麟的热血以增强内力，称霸武林。为了维护森林和平与安宁，虹猫的父亲联合蓝兔的母亲等七人，七剑合壁，最终大败黑心虎，但七剑也非伤即残。 五十年后，黑心虎带领魔教卷土重来。而唯一能阻止黑心虎的只有再次七剑合壁，但此时的七剑，除了虹猫父亲，其他六剑已分散隐居，去向不明。一场血战，虹猫父亲终因寡不敌众，英勇牺牲。少侠虹猫谨遵父亲遗命，肩负起拯救森林环境的重任，含愤下山去寻找其他六剑传人……
故事发生在中国。在东海有一个神秘的小岛，被称为愿望岛，只要你将信寄往愿望岛，就会有神秘的小天使来帮助你实现愿望。而这个神秘的小天使就是松鼠特遣队。每天，在愿望岛的特遣队基地中，队长张果果都会收到从中国各地发来的愿望信件，当收到这个愿望信件之后，张果果就会派遣松鼠特遣队前往发信地，帮助那里的孩子实现愿望。松鼠特遣队的每个成员都拥有自己独特的能力，他们会运用自己特有的能力合作解决问题。但是，只有孩子们能够看见松鼠特遣队，大人们不会相信特遣队的存在，而松鼠特遣队也要在不让大人们看到自己的情况下完成各种任务。松鼠特遣队任务的目的地将会是全中国各个地方，在完成任务时，他们能够看到整个中国的风土人情，还有中国的特色建筑等等。
