神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
喜羊羊与灰太狼意外被带到了未来世界，为了回到自己的时空，二人与未来的小羊们收集分散的象星石碎片。但过程中，一神秘反派也派遣厉害的手下来抢夺碎片，于是双方势力开展了精彩纷呈的碎片争夺战。
鼬鼠、兔子、海狸、猫头鹰以及蜥蜴五个 主人公带着小观众们一起进行探险旅行， 传播野生动物知识，培养小朋友认识大自 然的兴趣。
因为召唤过程中的失误，30岁社畜刘依诺意外被召唤到游戏世界中。为了尽快回到现实，刘依诺开始协助18岁的“勇者”田恩雅拯救世界。本来就是高玩的依诺凭借自己出色的认知，在异世界里如鱼得水。恩雅也从一个任性的小姑娘成长为成熟可靠的大女孩。
守护森林的仙女爱丽丝在一次巡视森林的过程中发现了一个塑料玩具小精灵，于是运用自己的魔力赋予其生命，将它变成自己守护森林的助手，并起名图尔克。在施魔法的过程中有一些魔力洒在了另外一个塑料火星人小玩具身上，于是塑料火星人巴特尔和图尔克认识并成为朋友，一起守护森林，经历了许多有趣且发人深省的事情。
大狗阿飞老师在一片森林里给动物小朋友当老师。他曾经的学生小考拉奇酷、猩猩豆豆、小龙佳凯、狸猫明美和企鹅蓝品乘坐鱼形飞艇，正前往老师的所在地，想为老师庆生。 临近目标地，奇酷无意间打开了大屏幕，大家目睹了一场强烈的大地震，并决定立刻成立“奇酷救援小分队”，去救援森林里的动物，并且找到下落不明的阿飞老师。 各类援助很快开赴灾区，动物们也纷纷自救。奇酷等人用自己的能力救助了们小动物，还利用飞船设备解决了一次来势汹汹的泥石流，拯救了小镇。小分队成员们发现了阿飞老师的下落，引来小范围人工降雨，扑灭了困住阿飞老师的大火，救出了阿飞老师和小朋友。，被灾难笼罩的小镇一片狼藉，但废墟中，各种救援人员、小镇居民们的救援行动，让这个经历了灾难的故事，充满了感动与希望。
平凡少年韩立出生贫困，为了让家人过上更好的生活，自愿前去七玄门参加入门考核，最终被墨大夫收入门下。 墨大夫一开始对韩立悉心培养、传授医术，让韩立对他非常感激，但随着一同入门的弟子张铁失踪，韩立才发现了墨大夫的真面目。 墨大夫试图夺舍韩立，最终却被韩立反杀。通过墨大夫的遗书韩立得知了一个全新世界：修仙界的存在。 在帮助七玄门抵御外敌之后，韩立离开了七玄门，前去墨大夫的家中寻找暖阳宝玉解毒，并帮助墨家人打败了敌人。 通过墨大夫之女墨彩环的口中得知太南小会地址，韩立为追寻修仙人的足迹决定前往太南小会，拜别家人后……
虽然危机当前，但英雄团之间的情谊也更上一个台阶，配合也愈发默契。经历了彪汉的失利，猪猪侠帮助它重拾了对力量的掌控。经历了私语之海的挑拨，英雄团更明白了坦诚的重要性。他们相互救助、互相信任，逐渐成为一只最棒的团队。最好的预言英雄，每一次的挫折只会让他们之间情感的纽带愈加坚固。 当然，光靠自己的力量是不够的，英雄团们在搜寻海心碎片的过程中，也结识了不少人物 有沧龙、虾人族……他们有的一开始是敌人，有的是受到帮助后报答的海兽。他们的立场也随着剧情的变化而变化，英雄团也会陷入拯救眼前居民和搜寻碎片之间的矛盾。但英雄团拯救家园的真心还在，朋友就会越来越多。 当年的聂墨西斯大王死灰复燃，给猪猪侠团队制造了各种危险麻烦，但是主角团队并没有因此而退缩，反而迎难而上，在困难中不断成长。逐渐加深的团队默契和保卫家园的信念让他们坚信自己是可以拯救世界的英雄。冒险小队与珊瑚公主等一批正义之士并肩作战，挫败了聂墨西斯一系列阴谋诡计，接下来的任务将更加艰巨，但他们依然勇往直前，永不言弃。
