故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
在明治的新京都，佩戴着［许可证］的妖怪也在四下飞奔，在得到由官方发放的许可证后，可以和人类一起生活。其中，有一个专门逮捕没有得到许可证的妖怪人，以此来捍卫京都的治安的集团在奋斗着。他的名字就是株式会社新撰组。另一方面，时代巨变下杂乱无章的京都中，和伙伴妖怪猫丸一起刚从上海回来的少年出现了。他名叫坂本龙之介，而他将马上回到上海。 为了完成收养她们的坂本夫人的愿望，三人而一直努力着留住坂本龙之介。是一部描绘爱情和战争，悲伤却搞笑科幻历史剧。
天野景太（户松遥 配音）是一个平凡的11岁男孩，一天，因为放暑假而无所事事到处闲逛的景太在树下发现了一台破旧的扭蛋机，景太用身上唯一的一枚硬币扭了一个扭蛋，就这样，他和妖怪执事维斯帕（关智一 配音）相遇了。景太获得了能够看见妖怪形象，以及召唤妖怪来协助自己的超能力，与此同时，他也肩负起了收复恶灵的重任。 个性活泼开朗，但却意外的毒舌的木灵文花（远藤绫 配音）、外表硕大样貌恐怖个性却很温柔的熊岛五太郎（奈良彻 配音）、完全不相信有妖怪的唯物主义者今田干治（佐藤智惠 配音），除了景太，这些同学们也在这个暑假里遇到了种种不可思议的怪事。
坐拥强大科学力量的帝国，以及以“魔女之国”的威名受到世人畏惧的涅比利斯皇厅。 在没有尽头的两国战场上，少年与少女相遇了。 以史上最低龄晋升帝国最强战力的剑士──伊思卡。 被称为皇厅最强的寒冰魔女公主──爱丽丝莉洁。 “若逮得住本小姐，你说不定真能实现自己的梦想呢。” “你才应该将我打倒，好让你能在统一世界的路上前进啊。” 两人以宿敌的身份展开了廝杀。然而，少年被少女的美貌和高洁的姿态夺走了心， 少女也迷上了少年的强大和生存之道。即便两人无法并肩而行，唯能战至一方倒下 相互敌对的少年少女，将展开革新世界的英雄传奇！
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
