故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
在第一年的高中联赛，小野田坂道成功地引领总北高校获得综合冠军。他和今泉还有鸣子一同升到二年级，和队长手岛带领的新团队一起准备拿下二连胜！之后夏天的高中联赛终于到来，王者箱根学园誓要雪耻，以新队长泉田为核心不断取得佳绩，一路高奏凯歌。面对重振王者之风的箱根学园，总北再次成为挑战者，陷入了苦战。就这样，比赛的最后一天终于到来了。拿下第二天的京都伏见学园的御堂筋又拿出了新的策略……各个队伍的斗志熊熊燃烧，坂道是否能坚信自己和队友们的纽带，拿下光荣的终点呢？
藏原走（大冢刚央 配音）是一名性格非常内向的大学一年级男生，不善言辞的他总是习惯用跑步来抒发内心里的情感波动。一天深夜，正在跑步的阿走遇见了名叫清濑灰二（丰永利行 配音）的男子，这个散发着独特魅力的男人主动向阿走搭话，并且向阿走介绍了他所居住的名为竹青庄的公寓。 就这样，阿走在半推半就之下成为了竹青庄的第10名住户。虽然日常打打闹闹但相互非常信赖的城太郎兄弟、被称之为神童，但阿走却觉得他有些古怪的杉山高志（内山昂辉 配音）、热衷于看电视猜谜节目的坂口洋平（北泽力 配音）、性格轻浮却异常讨厌烟味的高材生岩仓雪彦（兴津和幸 配音），和阿走共享着这幢破旧的公寓的，是这些性格稀奇古怪的人们。
在冲绳合宿中，在由于朝阳的云隙光而达到了最高氛围值的桥上，雪村和冰室进行了理论值最高的亲吻，但由于采集的唾液量并不充足，于是决定再次测量。为拜访唾液检测的专家，一行人动身前往理工部生命科学学院。而他们面前出现的是花魁打扮配一袭白衣的艳丽女子翠雨，以及她的恋人克里斯。雪村邀请翠雨二人帮助他们一起完成“证明喜欢的实验”，却因此见识了翠雨他们压倒性的爱之气场……。
在旷日持久的世界大战后，城市中遍布着出于不同原因而接受了机械化改造的人类，这些人被称为“扩张者”。与此同时，扩张技术的开发方，科技公司“贝琉连”也因战争对高科技兵器与扩张改造的需求而迅速膨胀，成为了一手遮天的巨型企业，操控着整个城市。随着扩张技术的发展，扩张者与普通人类之间逐渐产生了隔阂，也出现了许许多多的摩擦，由于过度改造而获得强大力量的“过剩扩张者”开始引发一系列社会问题，qiwan.cc成为了威胁社会稳定的重大隐患。因此，政府下辖的复兴厅设立了名为EMS（扩张者对策局）的机构用以管理与扩张者相关的事务，与称霸一方的贝琉连形成了暗中联系又相互牵制的微妙局面。在混乱的社会秩序中，故事的主角，以一把左轮手枪作为头部的过剩扩张者——乾（qián）十三以“处理屋”的身份活跃在城市中，负责接受委托并处理与扩张者相关的各种棘手案件，以此过着行走于刀尖之上的生活。而这样的生活，因为一次别有隐情的“绑架案件”发生了变化……
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
人間の住む「物質界アッシャー」 と悪魔が住む「虚無界ゲヘナ」。 本来は干渉することすらできない二つの次元だが、 悪魔はあらゆる物質に憑依し、物質界に干渉していた。 しかし人間の中には、そんな悪魔を祓う「祓魔師エクソシスト」が存在した―― 運命と対峙する霧隠シュラのエピソードや、正十字騎士團の闇が浮かび上がる「雪ノ果篇」。 奥村燐・雪男の出生の秘密――〝青い夜〟の真実に迫る「終夜篇」。 物語はいよいよ「青の祓魔師」の核心を暴き出す――
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