Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
故事发生在一间风格十分复古华丽的老式洋馆中，你是公寓的管理员，在那里，命运的邂逅等待着你。 运动细胞非常发达，看上去冷酷无情但是实际上十分温柔的苇原巧（前野智昭 配音）、小小年纪就已经是出色演员，一边演戏一边念书的仁科葵（花江夏树 配音）、身为著名企业的高管，个性十分严厉甚至稍稍有些施虐倾向，可是又存在着善解人意稳重可靠的一面的宫坂真也（鸟海浩辅 配音），居住在公寓里的，是这样三名性格迥异的男子。每一天，你看着他们进进出出，你们之间，会碰撞出怎样的火花呢？
小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
在某个平凡的夏日，东京遭到了炸弹恐怖袭击。导致日本从平稳的睡梦中惊醒的犯人，仅仅是两个少年。自称为“斯芬克斯”的犯人们，将把全日本卷入一场壮大的游戏。
