Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
全人类为之恐惧——。 没有任何异常的人类突然燃烧，化作操纵火焰的怪物“焰人”，并极尽破坏之能事的“人体自燃现象”。面对火焰的恐怖挺身而出的特殊消防队，肩负解开这一现象的谜团，并拯救人类的使命！由于某种理由而被人叫做“恶魔”的新队员少年·森罗，以“英雄”为目标，和同伴们一起，每天投身于与“焰人”的战斗当中！！
某天，高中生横谷家突然来访了一位上门营业的女仆—— 之前的职业是杀手，并且没做过家务活…… 满心疑惑而又无法拒绝的老好人男主感受到她的纯粹，于是接纳了她。 让只影独行在黑暗社会孤独生活的女仆，成为家人的故事开始了……
利用检测杀意的系统“罔象女”搜查犯罪事件的组织，通称“仓”。 然后，神探·酒井户身为“罔象女”的驾驶员进入犯人的深层心理“杀意世界（井）”，对事件进行推理。 他不断追寻着频繁发生、谜团重重的凶恶事件，以及在其中若隐若现的连续杀人鬼制造者“约翰·沃克”的影子。
都心から遠く離れ、色濃く残る自然に囲まれた集落──雛見沢村。 かつて、ダムの底に沈むはずだった村は、 今もなお昔と変わらない姿で、 転校生・前原圭一を迎え入れる。 都会で暮らしていた圭一にとって、 雛見沢の仲間と過ごす賑やかでのどかな生活は、 いつまでも続く幸せな時間のはずだった。 一年に一度行われる村の祭り、綿流し。 その日が来るまでは…。 昭和五十八年、六月。 ひぐらしのなく頃に。 日常は突如終わりを告げ、 止まらない惨劇の連鎖が始まる──。
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。
有栖川家で幸せな新婚生活を送る司とナサ。運命的な出会いを果たした一方、普通の高校生の恋愛、制服デートの経験もなかった 2人だったが、綾の手引きで司は制服を着ることになる。普段見ることのない制服姿の司に、ナサはドキドキを隠せず・・・。
——有想要实现的梦想！ 高中毕业后，进入游戏制作公司“Eagle Jump”的凉风青叶，开始参与她自幼热衷的游戏《妖精物语》系列的最新作《妖精物语3》的制作。 与使自己立志成为角色设计师的契机——八神光相遇，由此开始，在可靠的前辈们帮助下，一点一点成长的青叶。 之后《妖精物语3》也顺利完成，从青叶入社开始刚好过了1年，又到了“Eagle Jump”迎来新员工的季节。 曾经是个一窍不通的菜鸟的自己也终于要成为前辈，一想到这里就无法抑制心中激动的青叶。 “我是前辈凉风青叶哦！请多指教！”青叶在“Eagle Jump”的入口重复地练习打招呼……。 描绘在游戏公司工作的女孩子们日常的工作少女喜剧再度开幕！
