Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
その魔法、想像の斜め上！ 鬼の力を持つ高校生・乙木守仁は、 魔女修行中の幼馴染・ニコの使い魔として同居することに! 幼馴染との再会にときめくニコだったが、 守仁には予言された災いからニコを守る使い魔としての使命があり…。 ニコの魔法が引き起こす予測不能なトラブル、年ごろの男女の二人暮らし... 前途多難で摩訶不思議な日々が始まる！ 『SKET DANCE』『彼方のアストラ』の篠原健太が描く奇想天外なマジカルコメディ、開幕！
这是一个人类理所当然拥有超能力“个性”的世界。被称为「笨久」的“无个性”少年·绿谷出久与憧憬的No.1英雄欧尔麦特相遇，被其发现绿谷隐藏的英雄资质，从欧尔麦特手中继承了“个性” One For JiJiKB.COM All。笨久进入了英雄辈出的名门高中·雄英高中，以成为用“个性”拯救社会和人们的英雄为目标，和同学们一起度过了充满考验的每一天。 虽然打倒了宿敌All For One，但欧尔麦特也用尽了力量，便从职业英雄隐退。笨久继承了他的遗志，拿到了「职业英雄临时执照」，又接近了“最棒的英雄”一步。这时，笨久遇见了雄英三巨头中的一位，在职业英雄夜目爵士手下进行校外实习的三年级学生·通形未吏生。其压倒性的实力，让笨久更加向往在职业英雄事务所参加可以真正进行英雄活动的校外实习。另一边，不安分的＜Villain＞团体·死秽八斋会的年轻头领解修师，与继承了All For One意志的敌人＜Villain＞联军首领死柄木吊进行了接触。之后，在解修师的身旁，出现了一位少女的身影。 笨久与英雄候补生们即将与新的 “威胁” 进行战斗，新的 “使命” 挑战也开始了！！
三年前的一场交通事故令凉宫遥（栗林美奈实 配音）陷入了昏迷之中，鸣海孝之（谷山纪章 配音）一直将交通事故的责任归结在自己的身上，因此陷入了痛苦和颓废之中，在此期间，爱慕着孝之的速濑水月（高桥智秋 配音）不离不弃的照顾和鼓励着孝之，两人不知不觉之中就开始了宛如情侣一般的半同居生活。 某一日，凉宫遥突然从昏迷中苏醒了，因为脑部受伤，所以她的记忆暂时出现了混乱。孝之将此当做是赎罪的契机，于是一直守护着凉宫遥，水月将这一切都看在眼里，她直到，孝之真正喜欢的只有凉宫遥一个人，黯然之中，她选择了默默退出。
沢渡枫（竹达彩奈 配音）幼年时不幸的失去了父亲，在悲痛中，坚强的她决定拾起父亲最爱的相机，通过摄影来完成对父亲的回忆和思念。在某一次拍摄中，枫偶然发现了一种名为“玉响”的光芒，为了捕捉这能够让人得到幸福的神迹，枫彻底的走上了摄影的道路。 这一天，枫来到了父亲曾经生活过的小镇竹原市，在这里，她要开始她崭新的高中生活。在学校里，枫结识了一群个性可爱的朋友们。虽然毒舌但十分关心枫的塙薰（阿澄佳奈 配音），性格害羞但一直为了完成梦想而努力的樱田麻音（仪武佑子 配音）以及个性大大咧咧但心思其实十分细腻的冈崎乃理惠（井口裕香 配音），枫决定要用相机为她们制造出最美丽的玉响。一段单纯快乐的友情在少女之间展开了。
故事围绕着一个名为“SCM”的器具展开，该器具佩戴在使用者的上颚，当两个同样佩戴SCM的人相遇，即可进行任意内容的“对决”，对决中输的那一方，将会成为胜者的奴隶，必须无条件的服从胜者提出的任何要求。 外表冷漠，但内心充满了正义感的自由职业者荒川英亚（山村响 配音）、个性冲动但极富魅力的大田佑嘉（铃木崚汰 配音）、对感情极度执着的陪酒女葛饰树里亚（千本木彩花 配音）、狡猾的牛郎新宿诚也（绿川光 配音）、对诚也充满了爱慕之情的丰岛彩花（木下铃奈 配音），故事围绕着这些佩戴着SCM，被欲望控制和驱使的都市男女们展开。
从幼儿园起，藤田浩之（一条和矢 配音）和神岸明（川澄绫子 配音）就是青梅竹马的好朋友。浩之的性格有些懒散，但在内心里十分的善良；明天真无邪，有着邻家女孩的甜美与可爱，这样的两个人是他人眼中天设地造的一对，他们更是早已结下了永远都要在一起的海誓山盟。作为两人共同的朋友，长冈志保（樋口智惠子 配音）和佐藤雅史（保志总一朗 配音）对这二人之间的感情充满了真诚的祝福。 崭新的高中生活展现在了四人的眼前，可是，一些小小的阴霾打破了原有的平静生活。志保发现，自己无论如何也移不开投射在浩之身上的目光，志保无可救药的喜欢上了浩之。为了维持难得的友谊，志保决定将心意藏在心底，但随着爱意的不断加深，三人之间的关系第一次被推到了风口浪尖。
