在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
随着伍六七回到玄武国寻找他的身世，亦引起了七大暗影刺客的追捕。然而每一位暗影刺客都带着不同的目的和不同的过去，青凤的阴谋也在此浮出了水面。而此时等待着小鸡岛上的人民，又将是另一个危机，伍六七将如何面对他的抉择？
故事讲述哈小浪平静的校园生活被一场突如其来的流星雨打破了，一颗流星居然正面砸中了许愿中的哈小浪，被流星击中的哈小浪不仅毫发无损，还升级了超能力。人们在砸落的流星中找到了一些星状徽章的物体，对它进行许愿便能立马实现愿望，许多人纷纷开始找更多的星状徽章。这些神秘的徽章也引来了外星生物，原来这些徽章一直都是外星生物追寻的宝物，为了收集齐这些星徽，外星生物大肆入侵哈小浪的星球。面对强大的外星生物，哈小浪和他的小伙伴们化身为“星城守护者”，为保卫星球之战奉献出自己的一份力量。获得星徽的星狗们便能利用它召唤出专属自己的的圣甲，而星徽要是落在了外星生物手中便会引起巨大灾难，双方也陷入了十二星徽争夺战中。
沈长君因为评论了一下小说剧情，阴差阳错间竟成为了作者原书中的师尊。为了在徒儿第九千夜面前树立一个光辉美好的师尊形象，沈长君开始了自己的完美计划……
温氏横行，生灵涂炭。江湖仙门义士发动“射日之征”，合力讨伐温氏。“夷陵老祖”魏无羡虽在推翻温氏中立下了汗马功劳，却因修非常道且太过强大而遭人忌惮坑害，致万人唾骂，被情同手足的师弟带人端了老巢，身陨形灭…… 十三年后，魏无羡被人献舍，并再度与姑苏蓝氏蓝忘机、云梦江氏江澄等旧人相遇，前尘谜团未消，江湖疑云再起。 而这一切恩怨情仇，都要从他们少年时说起……
本作是剧角映画在原作的基础上所创的番外篇，以Q版的形象呈现，人设换成了新的戏外人设，内容是当初兄坑剧组拍戏的那档事，是与正片内容无关联的日常故事篇。在第一季和第二季的剧情中，东方纤云和其他的小伙伴们还有很多不为人知的生活，这些生活，都是一幕幕血泪史，真是让闻者伤心，见者落泪啊。
