在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
黑魔王从星际监狱逃脱了！他魔王重获自由的第一件事，就是直捣星际判官的家，报当年被判入狱之仇，星猫眼睁睁地看着父母在战斗中，掉进无垠的银河深处。为了拯救父母，惩罚黑魔王，星猫决定跟好友小卷，一路尾随黑魔王的足迹来到了地球。
炘南（吴建飞 饰）、北淼（柏栩栩 饰）、东杉（郭帅 饰）、西钊（张超 饰）和坤中（秦炎仕 饰）分别是来自五个不同村落的五位少年，因为继承了太阳系的守护者太阳星赐予地球的五颗光影石的力量，五人拥有了能够召唤神秘武器光影铠甲的能力。 他们的对手是邪恶而又残暴的暗影大帝。因为嫉妒地球的生机勃勃，暗影大帝派出了暗影五行魔入侵了地球。他们所带来的魔灵石拥有着黑化一切的能力，意在将地球上的生物赶尽杀绝。就这样，在代表光明的守护者和代表黑暗的暗影大帝之间，展开了一场激烈的战斗。少年们凭借他们的智慧和勇气，获得了一场又一场的胜利。
故事发生在未来世界的一个海边城市，主人公小宏是一名运动健将，无论什么球类都玩得出色。小宏的妈妈经营着一家包子店，一 天放学后，小宏来到店里吃香喷喷的包子，然后帮助妈妈整理仓库。无意中，小宏发现了一颗神秘的小珠，可却引来坏人前来抢夺，想 要用小珠的力量实现野心，此时，一个有生命的迷你车变成神奇的伙伴，帮助小宏赶跑了坏家伙。小宏得知，妈妈曾经和它一起守护城 市，可是却意外失去了记忆。为了帮助妈妈找回记忆，小宏出发寻找神秘的珠子，并和伙伴们一起成为保护城市的小英雄。
