在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
唐朝末年，天下大乱，藩镇割据，群雄并起。 据说黄巢叛军攻陷长安之前，官府中的神秘组织不良人，曾经执行过最后一次任务，然后便消失不见了，几乎与他们同时消失的，还有叛军搜遍长安也未曾找到的国库宝藏，自此以后，江湖上便传出一条谣言，在传说中的龙泉剑上，隐藏着一个天大的秘密。 直到有一天，一个名叫李星云的神秘孤儿，机缘巧合下被隐士阳叔子所救，并拜在其门下学武，数年之后，李星云与师妹陆林轩下山历练，途中结识了姬如雪和张子凡两个好友，后来又偶然得到了传说中的龙泉剑。 这样一来，李星云和龙泉剑引起了包括玄冥教、通文馆、幻音坊和天师府等诸多门派的觊觎，他们动着各种各样的心思，或巧取豪夺，或通缉追杀，各种手段招数无所不用其极，甚至连消失已久的不良人也有重出江湖的迹象。 李星云这个身世成谜的少年，就这样和他的朋友们周旋于险恶的江湖之中，为了求得一条生存之道而努力挣扎着。
天庭有珍奇书籍“天书”，被锁在石龛门里三千年。看守天书的袁公对天书的内容好奇不已，他乘无人之际，偷偷拿出观看。原来，天书上记录了一百〇八条法术，袁公偷偷下凡，把天书上的内容刻在石壁上。但本意造福人类的袁公此举却触犯了天条，遭到了玉帝的惩罚。 炼丹炉里的仙丹不慎被三条狐狸偷吃了，她们变成精下凡骗人钱财，还假扮仙姑和官府勾结，欺压百姓，祸害人间。袁公便指引天赋异禀的蛋生——一个从蛋里跳出来的孩子修习天书上的法术，和狐狸精斗智斗勇，为民除害。
仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙，却不慎破坏了神官们的金殿，无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中，谢怜结识了两位来帮助他的小神官，并认识了诡王花城，四人一同解决了一件件诡谲的事件，并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
千百年前，妖帝被人族强者所伤，灵魂逃逸，强行夺舍寄居于人族帝王的身上，从此之后，帝国战乱不断，忠臣离心。在这乱世之中，蓝鲤镇的叶氏家族，更是受尽欺凌苦难。叶氏宗族子弟叶星河身负所有族人的希望，开启了星武传承，无意中获知了蓝鲤镇里深藏的秘密，从此他的人生轨迹开始了改变。带领族人平战乱，助镇北王驱逐妖帝，重振朝纲，期间更是赢得了红颜知己的倾心。这是一段乱世的冒险，热血少年的侠义故事。
