这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
故事发生在一个名为霞之村落的村庄之中，在这里，伫立着专门培养女忍者的忍者学校私立志能备学园。万里小路隼人（远近孝一 配音）是一名平凡的二十四岁青年男性，因为背负了两百万日元的巨额债务，隼人逃到了村中，成为了学校里的老师，可是隼人并不知道这是一间如此特殊的学校。 和隼人一起来到学校的还有名为日向向日葵（松本华奈 配音）的女孩，向日葵很小的时候遭遇了一场空难，所幸得到了一名忍者的救助才幸免于难，从此，向日葵便立志也要成为一名忍者，因此来到了能备学园之中，只是，在这里学习的女孩们都是从小时候起便开始接受忍者训练的高手，而从小过着普通生活的向日葵在这里真的没问题吗？
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
南葛中と東邦学園の同時優勝で幕を閉じた全国中学生サッカー大会。 大会後、フランス・パリで開催される国際ジュニアユース大会に向け、 日本ジュニアユース代表が選出されることとなった。 世界への飛躍を誓う翼に加え、日向、若島津、そして若林、岬の海外組ら最強の布陣。 一方、日本を実力で上回る世界のサッカー大国も動き出していた。 ドイツのシュナイダー、フランスのピエール、アルゼンチンのディアス、イタリアのヘルナンデスら、新たなライバルたちもまた世界一の座を手中に収めるべくパリに集結。 夢と誇りを懸けた激闘が今、始まるのだった!!
那一天，五个世界突然被“门”连接在了一起——我们所居住的蓝色世界，被夜与魔法支配的黑色世界，祈祷着神灵守护的红色世界，由科学与电脑管理的白色世界，以及在军队和武器统治下的绿色世界。 天使、恶魔、妖精、魔女、女神。 在童话与神话中的存在纷纷降临于世。 就在这时，在世界各处，也出现了觉醒了异能的少女。 少女们呼唤着“プログレス”（progress），并向保护、培养设施——青蓝学苑集中。 少女们彼此相遇并结下羁绊，共同对抗五个世界的敌人——将世界引向终结的组织——衔尾蛇。
27歳、過労死――。 こんな死に方は嫌だと思った矢先、神様が目の前に現れた。 「異世界に転生して、人類が存続するべきか どうか見極めて欲しい。 代わりに特別な力をあげよう」 それを聞いた主人公・みどりは、過酷な暮らしに疲れた心を癒やすため、思わずこう願ったのだった。 「もふもふ……もふもふ！ したい！！ この疲れた心を癒してくれるのは、可愛い動物のもふもふしかないの……！」 そんなこんなでみどりは異世界へ転生して、幼女・ネフェルティマとなる。ネマは《人間以外の生物から好かれる力》を授かっていた。動物はもちろん、白虎やドラゴンなどの聖獣、はてはゴブリンやフローズンスパイダーなどの魔物までもが、どうしてか彼女を好きになってしまうのだ！ しかしそんな彼女にも過酷な運命が 待ち受けており――。 人間と生き物たちとの共存を目指してがんばるぞ！ ネマのもふもふなでなでライフ、始まります♪
2021年。アメリカ合衆国をはじめとした先進工業諸国による規制の努力もむなしく、異星人ペドラーがもたらした意識制御型汎用作業機械「エグゾフレーム」は、全世界に拡散していた。アフリカの新興国、アザニア共和国の大統領ライラ・レシャップは、誰もがタダ同然で利用可能な、この異星の汎用機械によって発展途上国の技術的独立を達成しようと、明に暗に策をめぐらす。一方、ボウマンたち海兵隊員は、アザニアの動きに対抗するため、エリア51において極秘のうちに海兵隊専用エグゾの開発を始めるのだった。
