《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
铁拳虎失去超星核后，丧失了所有人工智能的能力，沦为普通小宠物。没有超星核能源的支撑，铁拳虎生命迹象逐渐流逝。然而更让大家担心的是，铁拳虎体内的虚空次元会因断电而造成空间稳定器失效，恐怕到时候整个世界都会被虚空次元吸掉。迷糊博士启动了咕咚店底下的宇宙飞船，猪猪侠为铁拳虎接上备用能源，勉强维持基本机能运作。而另一边星际超好玩联盟主席普利斯，颁布宇宙命令，将猪猪侠等人通通驱逐到宇宙边界，永远不得踏入任何星球。迷糊博士只好带着大家撤离童话星球，展开一段拯救铁拳虎的星际旅行。
因“神秘符事件”而昏迷不醒的小鱼，被鱼爹带回了故乡。当小鱼神奇的苏醒，性情大变，行为古怪时，他们又卷入了一件件神秘、感人，围绕着守护主题的精灵治愈故事。青梅竹马阿玲的出现，为鱼爹提供了帮助，也摩擦出了暧昧的火花，但古灵精怪的阿玲对小鱼异常的了解，不时又藏藏掖掖像似酝酿着什么。到底是谁占据了小鱼的身体？阿玲又隐瞒了什么？真正的小鱼是否会醒来？当鱼爹一步步拨开迷雾，他将如何面对.....
飞狗moco是一只小有名气的柯基，因为长期与主人yummy一家生活在一起，他逐渐有了人类的各种情感，会和主人一样有仪式感期待过节，胆大的他甚至想要尝试人类的各种职业？追逐梦想的道路上艰辛而漫长，每一个梦想都要努力去兑现，最后他成功了吗？只有他自己知道！
江小白醒后想起了过去的一切：校庆当天一起为佟离唱的歌，冤枉佟离将夕雨推下水，图书馆的畅谈，送给佟离的玻璃珠，未来得及对佟离说的喜欢。和小白一起追赶佟离的夕雨在途中遭遇了车祸，而夕雨的一切行为都只是为了让小白注意到佟离。走遍了所有和江小白留下记忆的地方并决定离开重庆的佟离，在机场被赶来的江小白挽留，无法放下夕雨和江小白在一起的佟离最终选择了离开。一年后，杂志社的各位都有了新的生活，小敏也如愿进入了文筝。而追赶不慎掉落玻璃珠的江小白也再次遇见了捡起玻璃珠刚刚归国的佟离。
