《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部,主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事:菲洛和伙伴们通过在星学院的学习,成长为优秀的魔法师,并且即将面临毕业考核。然而这时,她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时,瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失,一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相,菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社,成为极光组的一员。
三位小魔仙希雅、海昕和夏凡在化解了海萤堡的灾难后,回到人类世界-悦悠岛,成为了海洋保育馆的见习保育员。在保育馆的见习生活中,她们学习了解到各种海洋知识,并积极参与到救助海洋生物的行动中。 然而,一个自称“铁鹰战队”的神秘团队突然造访悦悠岛,利用各种高科技装备,四处捕捉各种海洋生物。这一切原来是精于制造各种机器的幻仲博士在幕后指使的,希雅、海昕、夏凡三人随即用魔仙力量与之展开一场保护海洋生物的战斗……
漠北当下表面平静,实则暗中涌动。王后述里朵正筹划一场大会,不良帅为探查漠北动向带着一众不良人出现在漠北,以降臣为首的四大尸祖在此期间也来到漠北开了家古董羹店,而神秘的杀人凶手更弄得人心惶惶,几方势力各怀心思....
邪恶的哈莱女王将进攻的目标对准了和平宁静的双子星,她不仅夺走了双子星上非常重要的宝物夜星宝盒,还导致那里的两位公主下落不明。焦急之中,魔仙女王找到了小蓝和游乐,将她们派往地球,赋予了她们寻找夜星宝盒的任务,与此同时,两人还要搜集失踪的两位公主的踪迹。 在地球上,小蓝和游乐遇见了美琪和美雪,四人组成搭档开始了她们的调查,让两位魔仙感到意外的是,美琪和美雪新认识的朋友贝贝,竟然就是失踪的两位公主之一,这也就意味着,另一位公主可能也就在她们的身边。救援行动刚刚起步,就屡屡遭到哈莱女王和她的爪牙的阻挠。