《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙，却不慎破坏了神官们的金殿，无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中，谢怜结识了两位来帮助他的小神官，并认识了诡王花城，四人一同解决了一件件诡谲的事件，并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
水神共工为了争夺人间的主导权，与水神祝融发动了一场大战。共工撞倒了托举苍天的不周山，导致天河倾泻，洪水泛滥。共工企图用洪水控制人类。 鲧受命治水，为堵住洪水，鲧偷盗天物息壤，被天雷劈死。死后尸体化成一座大山，大山孕育了禹。禹出生后，结识了庚辰、伯益，和修行五百年的耳鼠，并救下受伤的应龙。舜将禹等带回都城，培养成才。正值洪灾加剧，舜不得已派禹等人治水。共工得知此事，率领一群妖神一路阻难。 禹经过涂山，邂逅女娇，坠入了爱河，却发现女娇中了共工手下无支祈的魔咒，即将变成石头。大禹毅然与女娇结婚。在变成石头前，女娇魔咒解除，还将开山斧交给禹。无支祈大怒，掳走禹的部下竖亥。禹救出竖亥，并将无支祈镇压在淮河。然后告别女娇，前往黄河治水。共工早已在黄河和去黄河的路上设下圈套。历经艰险与失败后，禹终于找到了治水方法——堵不如疏，破了共工的局，解决了黄河水患。正当禹要与女娇团聚时，又传来旱魃作乱、赤地千里的消息。禹打败旱魃，结果水火失衡，导致共工力量突增。共工召唤出九头蛇怪相柳进攻都城，又放出无支祈水淹涂山。是拯救天下百姓，还是去救女娇，两难之中的禹最后选择了前者，消灭了相柳。而女娇在无尽的等待中心死，变成石头。此时相柳尸体又化成毒液，即将流毒天下，禹不得不重走父亲老路，偷盗息壤，堵住了毒水。天将问罪，鲧为禹挡住天雷，粉身碎骨。禹终于回到女娇身边，悲痛万分。众人齐心协力，与共工决战，终于将其打败，天下再无水患。而禹则决定永远陪伴女娇石像，舜屡次征召要让出帝位，禹不为所动。终于某一天，女娇复生，还生下启。禹这时才接受舜的禅让，并请求天帝释放共工，令其戴罪立功，守护百姓。一个太平时代开启了。
主角柯奇是一个真诚善良，但性格有些冲动的玩具机器人。在危急时刻，他遇到了另一群玩具——聪慧的黑包子、沉稳的刀剑客、热心的小骨头、勇敢的点点、机智的嗦发。在他们共同帮助下，柯奇很快融入了友爱的玩具之家。好景不长，玩具之家被老鼠皮条破坏，大家不知该何去何从。这时，黑包子告诉大家，玩具城城主托雷能为玩具们实现任何愿望。于是众人决定结伴前往托雷玩具城。
憨八龟居住在遥远的外太空星球变形星，在一场意外中，憨八龟和朋友们搭载着飞船逃往其他的星球，却在途中遭遇了空难，憨八龟一人流落到了地球上。热爱幻想的少年阿布、大大咧咧性格开朗的少女小美和智多星明仔发现了憨八龟，一行人很快就成为了好友。 受憨八龟所托，三个人类少年决定帮助它寻找失散的伙伴们。而铁甲小子、宝宝熊和百丈跳等外星来客们亦在找寻着憨八龟的踪迹。和它们一起来到地球的，还有贪婪而又邪恶的星际罪犯软骨虫，在它的挑拨离间之下，地球人对变形星人产生了误解，爆发了矛盾。憨八龟和伙伴们携手，最终能否破解软骨虫的阴谋？
