《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
家族长老为争夺矿上开采权，派人碎他丹田，从此成为叶家弃子。然而他却因母亲流血的戒指意外进入界狱塔，得神秘人指点，修炼从未有人修炼过的剑道。叶家弃少叶玄：“我必须变得强大，那样才能保护妹妹，夺回我在叶家失去的一切。”神秘女子：“跟着我，我让你成为诸天界最强剑士。”在神秘女子的帮助下，叶玄能成为诸天界最强剑士吗？
该片以海洋作为故事上演的舞台，融合了动作、探险、海洋生物科学课程以及学龄前团队协作等内容。 动画讲述了八个可爱小动物组成的海底探险小队的故事。他们居住在神秘基地——章鱼堡，随时准备出发去解决海底遇险、排除海底可能发生的危险。 每集动画都建立在一次探险的基础之上，小队成员发挥自己的特殊本领，克服险境，探索海洋奥妙，发现未知生物。高潮迭起的探险、拯救、保护情节不断激发着孩子们的思考能力，培养他们互相协作友善真诚的团队精神。 本片具有高品质的美术和故事设计，精致的3D动画制作，欢快动人的片尾音乐，将晦涩抽象的知识融入到生动有趣的画面和剧情中，孩子们透过小纵队的视角展开奇妙的世界画卷，感受丰富多彩的自然奇景，在欢乐享受的同时学习到诸多的科普内容，不断找寻着关于人与自然关系的答案，着重强调了团队协作、互相帮助的友谊精神。
暗月世家举办祖宗大会，意图借机处置青羽世家。众附属家族起义，脱离暗月世家自立门户。梁项怒下杀手，所幸安雪云、徐副院长相继赶到，逼迫梁项退让，叶星河才得以全身而退。但安雪云却因此被软禁，不久后便要履行婚约嫁往京都。胞妹雪嫣前来求助，叶星河潜入天恒世家府邸，与雪云约定在前往京都途中劫车私奔。梁项秋后算账，将当日起义的附属世家一一灭族。叶星河与梁玉里应外合，将梁项等人诱入北冥山埋伏中，最终梁玉取代梁项成为家主。叶星河与夏雨凝为寻天龙宝藏，深入天翎神宫一探究竟。
天下三万州，共尊朝歌，但是诸侯林立，宗派遍地，各有心思。临安城秦家女婿许无舟意外得到宝器“轮回碗”，不断吞噬金属，壮大自身，并隐藏暗处帮助秦家度过危机，挽回自己在秦家的坏印象。不想，稷下学宫强行收许无舟的妻子为徒，许无舟为了接回妻子，毅然加入已经落魄的道宗。只是，此时的道宗虽然名义上为天下道门领袖，但天下道门已经不再尊崇其为天下共主。许无舟莫名其妙地担起重振道宗的重任……
