在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。 他们的诞生理由各有不同。 既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。 既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。 既有被科学家制造出来的机器人，也有超自然的史前机器人。 对于这些超人的跋扈，日本政府绝不打算坐视不管——
伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩，有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約，成為「魔法少女伊莉雅」。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下，開始被迫幫忙回收階級卡片……
十数年前，巨大的魔兽・九尾被戴着面具的神秘男忍者解放了。九尾袭击了木叶忍者村，为了守护面临毁灭的村庄，第四代火影牺牲了自己的性命，并把九尾封印在刚出生的儿子漩涡鸣人身上。时光流逝，恐怖的忍者集团・晓的成员突然袭击了木叶忍者村。鸣人等人在任务中击退了晓的成员而受到村里的人赞许，也获得了可以提交上忍申请书的机会。鸣人看到其他人都有父母可以帮忙写申请书而感到落寞和焦躁，就在此时，斑突然出现在他眼前，并用无限月读的实验性忍术把他送往了另一个世界。在那个犹如镜中世界般的地方，鸣人实现了这十六年来从来没有与家人一同生活的梦想，他明知道要尽早离开这个诡异的地方，却放不下他好不容易才拥有的亲情。而另一方面，斑正等待着机会准备重现十六年前那场惊天动地、夺走鸣人父母性命的捕获九尾之战。那段感伤又痛苦的回忆即将在大银幕重现，而出现在月读幻术世界中的谜样人物——假面之男的真实身份也即将曝光……。
像散落在宇宙的玩偶，变成流星降落到地球上…… 随着时间流逝，现代。被命运选择的少年·礼堂光，得到了不可思议的“银河火花”。 那些变小了的怪兽和奥特战士再次被神秘的物体变回了原来巨大化的姿态。 同时又突然出现了凶恶怪兽和宇宙人！巨大大的黑暗力量开始涌动。 为了保护人类，小光用银河火花的力量将怪兽和奥特战士的玩偶和“ウルトライブ”一体化。于是新的奥特曼登场！
故事发生在一间名为达利亚学园的寄宿学校之中，这所学校矗立在孤岛之上，绝非外人轻易能够抵达。达利亚学园分为两派——东和国派与西众公国派，实际上，这两个国家之间正在进行战争，因此，两国的学生就读在同一所学院之中，气氛可谓是十分的紧张。 东和国的学生与西众公国的学生都有着他们专属的公寓，而犬冢露壬雄（小野友树 配音）和朱丽叶（茅野爱衣 配音）分别是两个国家学生之中的两名领袖人物。然而所有人都不知道的是，这两个人表面身份敌对剑拔弩张，实际上却是秘密恋爱的地下情侣，这一层关系一旦被别人知道，整个学校就将陷入混乱之中。
