「在逐渐沉没的世界,我找到了你。」 在近未来,不明原因的海平面上升导致大面积地表被海水淹没。 幼时因意外事故失去了一条腿的少年斑鸠夏生厌倦了城市生活,迁居到了海边的乡村小镇。 他无亲无故,留给他的只有曾属于海洋地质学家的祖母的船和潜水艇,以及债款。 夏生为了取回自己“失去的未来”,潜入大海寻找据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。 他在那里找到的,是沉睡在棺材状装置中的神秘少女——亚托莉。 她是几乎与人类无异的,精巧且感情丰富的机器人。 从海底被打捞上来的亚托莉说道。 「我想完成主人留下的最后一道命令。在那之前,我来做夏生的脚!」 在逐渐沉入海中的安宁小镇,少年与机器人少女难以忘怀的夏天开始了——
主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后,来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中,在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战,一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹,悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境,治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中,慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有,定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累,一路蹒跚走过的她,悠要如何面对呢?在阳光灿烂的初夏天空下,故事,就这样开始了……
少年は少女を守りたい。そう、思った。 魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉が、あらゆる願いをかなえる願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」が起きて10年、 冬木市で再び戦争が始まった。前回の「聖杯戦争」の参加者である衛宮切嗣の養子・衛宮士郎は遺志を継ぎ、戦うことを決意する。 士郎のそばには、彼を慕う少女――間桐桜がいた。彼女は毎朝、毎晩士郎の家に通うと朝食と夕食を作り、天涯孤独だった士郎と優しい日々を過ごしていた。だが「聖杯戦争」が始まると、冬木の町に流れる空気が変わった。あちこちで殺人事件が起き、不穏な空気が流れ始める。士郎は桜を自宅に泊めることを決意した。 士郎は召喚したサーヴァント・セイバーとともに、魔術師の遠坂凛と同盟を結び「聖杯戦争」に臨む。 だが、その戦いは暗躍する者たちによって大きくきしみ、歪み始めていた。