随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
小津一家独自居住在一栋西式大宅里。其一家之主是深雪、与经营自营农园的长子・莳 魔法战队魔法连者标志 魔法战队魔法连者标志 人负责养育著其余四个孩子，一个过著普通生活的家庭。 就在一个星期日的早上，在一家人的面前出现了一个魔法阵，而从里面居然跑出一个丑恶的妖怪。就在孩子们不知如何是好的时候，妈妈深雪拿出一个造型奇妙的移动电话，并且用它变身成像是穿着白色战衣的天使一般的形态，将妖怪两三下打倒。 回到家后，深雪告知惊讶不已的孩子们说。先前所打倒的妖怪是为了侵略地上界而曾被“天空圣者”所封印的地底冥府印菲西亚的冥兽。自己是为了与复活的印菲西亚战斗，授以天空圣者的魔法可变身成魔法使・魔法圣母。而且孩子们也与自己同样拥有魔法使的资质……
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
