随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
故事描述在称为布雷斯提尔的世界，名为“吉尔多”的巨大组织独霸了航空技术，企图利用手中强大的科技力量控制世界。这个世界的两大国家安纳托雷和度西斯处于交战状态，为了争夺霸权，两国都委托吉尔多设计空中战舰，并且由吉尔多统一提供引擎。两名拥有一艘Oneship的飞行员克劳斯·沃克和拉维·海特，他们经营空运业务。两人在一次飞行器事故中救了名叫做艾尔维斯·汉密尔顿的少女，并且将她送往空中战舰西耶瓦那，从而卷入到悠关世界存亡的大战中去......
主角阿人（浪川大辅 配音）是个蓬头垢面的流浪儿，然而他体内隐藏着强大的力量。城内怪异事件频发，当阿人回到家中，发现相依为命的爷爷倒地不起。失去爷爷后的阿人和被他搭救过的阿姨生活在一起。 时过境迁，阿人长大成人，在又一次杀人魔肆虐的事件中，他重遇了昔日好友天城高雅（宫野真守 配音）和天城小叶（花泽香菜 配音）。在战斗中阿人被抓走，一个追寻他多年的神秘老人向他揭开了多年来的秘密。杀人魔其实是他们开发出来的PLAYER，失控后他们又开发了对抗杀人魔的武器——Z•E•T，即阿人。他左手上的“暴走之轮”，可以将怪物强制变回原貌，阿人是作为根除杀人魔的最后希望。阿人的“爷爷”是当年的研发人之一，他一心希望阿人可以作为普通人类生活。为了保护所爱之人，阿人下定决心要成为Z•E•T…
“我被冥界拉黑了，所以死不了。”因为某种原因，他被冥界禁止入内，无法回归冥界。为了回到冥界，他开始将幽灵拥有的“灯火”收集到自己的灯笼里。这个神秘的“自称仙人”——鼹鼠（百暗桃弓木），行踪诡异。据说，遇到他的人会开始看见一些奇怪的事物……
15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
