《科学小飞侠》这部动画的原作是吉田龙夫（漫画家出身，后来投入动画制作而成立龙之子制作，已故），由鸟海尽三与陶山智负责企划。本片当初是以与巨大机械战斗的低年龄向动作片为起点，但在导入公害、科学、战争等现实中的严肃题材，与亲情及角色过去的戏剧性，这些非儿童导向的故事都博得好评，因而得以将预定的一年播映期延长，并成为龙之子制作的SF英雄动画类型经典代表作。
拯救将近毁灭的世界不是一件简单的任务。因此，当城之内获得了四人的异国旅行的机会，游戏和他的朋友决定要珍惜这次难得的旅行，大概他们是这么认为的吧！在到达他们的目的地之前，他们的飞机失事，他们到了一个荒芜人烟的森林，遇见了神秘的 Dr. Alex Brisbane。Dr. Alex Brisbane惊奇地发现了，距离埃非常悠远的这个地方，有一个秘密的金字塔，通往另一个世界，胶囊怪兽的世界。 当游戏和他的朋友进入这个金字塔的时候，他们魔法传送到远古生物居住的危险王国，他们在一个神秘的迷宫中迷路,为了要找到通道回家,作了许多试验。 当游戏在生命危险的时候，他把的决斗盘换为 Capsule Shooter，一场生死决斗开始
2010年11月“β世界线”——主人公·冈部伦太郎跨越无数的苦难与悲哀，终究还是放弃拯救“她”的世界线。跌落失意谷底的冈部伦太郎。担心着他的同伴们。没能得到拯救的“她”将会变得如何？迎来新的角色，描绘而成的“零”之物语。
伊莉雅是一个就读穗群原学园的普通女孩子，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。而已是红宝石之星持有人的她，还变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收沉睡于冬木市的某危险的卡片……
我，明明并不想杀人的—— 你，并不是那样的啊。 看到的瞬间注意到了。不，应该说是看到了。确信是敌人、或者不是而这样充满犹豫否定。 并不知道，存在于那里的是所谓自己的境界，却就这样跨越了。在不断被反复的凌辱中，少女只是投出她那无机质的视线而已。 让我们假设人的脑内有无数的频道，认定有一个为了适应现实生活而作为最大公约数的频道，那么恐怕大多数的人类都通过这样一个频道去注视这个世界、认知这个世界，所以才能达到共存。 但是，却有无论如何都无法与大家保持共存的异常频道，如果那样的频道存在的话——那已经是非人了，不，或许应该称之为“存在不适合者”。 并不是说所谓的不适合社会，而意为其存在本身就不适合。 或许这样应该称为“超能力者”才更为适合吧。 然后这是某一晚发生的事情。在饮酒会归来的下雨之夜，无论怎么看起来都很普通，却有能找到罕见东西才能的黑桐干也，在黑暗中拣到了一位孤身一人的少女。 关于“这个能力”，在自己并未注意到所想要寻找的对象时，在寻找之前便会出现……而关于这个事实他本人并不知道。 行踪不明的后辈。 无法相遇的妹妹与他的友人。 别说手足了，连头部都无法保持完整的，因切割而惨死的尸体在今天又增加了一个。 当各自只顾自己的方便而行事的话，最终只会到达一个结局——死斗。 夏天下雨之夜，瞳孔中映出能将全部都歪曲破坏的少女，与瞳孔中能看见全部之死线的少女，双方充满杀意的对峙。
エインズワースとの激闘からひと時の休息。美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。それは美遊の悲しい運命であり、美遊のために兄・士郎が命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。美遊のために世界の敵となると決めた士郎。相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」。大切な人たちと笑いあえる明日を作るために――。魔法少女たちの戦いが、再びはじまる……！
