神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
在新的第一季中，故事将围绕着超级宠物展开。每个超级飞侠都有他专属的超级宠物！每时每刻，他们都在一起执行任务，共对困难。 除此之外，本季还有两位新的超级飞侠加入，他们就是超级汽车雷克，还有乐观爱唱跳的佩佩。还有一个前所未有的淘气鬼——金小子！ 他将给超级飞侠带来极大挑战，因为他老是想证明自己是比超级飞侠更棒的飞机。他们的加入，将为故事带来更多新奇、有趣的元素，让我们一起来看吧！
伴随着魂导科技的进步，斗罗大陆上的人类征服了海洋，又发现了两片大陆。魂兽也随着人类魂师的猎杀走向消亡，沉睡无数年的魂兽之王在星斗大森林最后的净土苏醒，它要带领仅存的族人，向人类复仇！生活在斗罗大陆上的少年唐舞麟因为武魂是蓝银草，一直被嘲笑轻视。一次意外受伤中他发现：自己身体里面有一条由18道封印封禁的金龙，守护着自己的那缕神识告诉他，如果不逐步解开封印，自己将爆体而亡……
聂天自幼母亲早逝，父亲不详，也没有修行的天赋，在族内备受冷眼。在一次与同族孩子比武时，聂天一度因境界差落于下风，险些丧命，却在关键时刻爆发出一股奇异的力量，反将对手打败。可这却导致聂天的祖父被逼让出家主之位，让聂天明白了自己莽撞，会带来怎样的后果，决定从此专心修炼，不再进行无意义的争斗。随后聂天在一次意外冲突中，发现自己周岁时抓周获得的一块兽骨内部竟另有一方天地，自此便开启了自己秘境修炼之路。
暗月世家举办祖宗大会，意图借机处置青羽世家。众附属家族起义，脱离暗月世家自立门户。梁项怒下杀手，所幸安雪云、徐副院长相继赶到，逼迫梁项退让，叶星河才得以全身而退。但安雪云却因此被软禁，不久后便要履行婚约嫁往京都。胞妹雪嫣前来求助，叶星河潜入天恒世家府邸，与雪云约定在前往京都途中劫车私奔。梁项秋后算账，将当日起义的附属世家一一灭族。叶星河与梁玉里应外合，将梁项等人诱入北冥山埋伏中，最终梁玉取代梁项成为家主。叶星河与夏雨凝为寻天龙宝藏，深入天翎神宫一探究竟。
