人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河。虽然星野铁郎（野沢雅子 配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在继续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子 配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号。在一众战友的帮助下，铁郎穿过一道道火线，经过几番周折，终于登上了久违的银河铁道999号，重新开始了一段漫长、孤独而又充满惊险的宇宙旅程……
　　本片为《银河铁道999》第二部剧场版动画。

エドン国は周辺51星を平定した星間国家である。エドン国の王位継承者は、16歳になるまでにすべての領地（同盟星）をめぐる視察の旅に出る義務があった。                                                                      　　城での堅苦しい生活が嫌いな王子エドワード・ミトはこのしきたりに従い、身分を隠しての星巡りに大喜びで出発する。 旅の道連れは教育係のスケードと武術指南役のカークスの側近二人。                                                                      　　一見平和に見えた諸国だが、見せかけの平和の裏ではそれぞれの為政者による悪事が横行していた。                                                                      　　ミト王子は合体ロボ・ダイオージャを駆り、領民を苦しめる悪人どもを成敗していく。