平静的风吹过美丽的大地——阿斯特莱亚大陆。在大陆的某个角落，失去记忆的少年佑树醒了过来，照顾他的小小指引者可可萝、总是饿肚子的美少女剑士佩可莉姆、有一点冷酷的猫耳魔法少女凯露，在命运的指引下，他们创立了名为“美食殿堂”的公会。现在，佑树和她们的冒险揭幕了。

　　近未来的东京，谜之组织Demon Seed利用强化服来犯罪。警察对Demon Seed特殊工作课（简称：特工课）屡次出击失利后，现在正面临着存亡的危机。课长服部为了让特工课起死回生而举办了对Demon Seed作战的英雄偶像甄选会，最终由14岁的怪力少女南风麻伦胜出。此后，麻伦开始一面对抗Demon Seed，一面为成为超级偶像而奔走。

　　人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“ＧＩＲＬＳ”に、新人としてアギラ、ミクラス、ウインダムの3人が配備されることに。立派な怪獣娘になるべく訓練を受けるデコボコトリオの明日はどっちだ……!? ショートアニメ『怪獣娘（かいじゅうがーるず）』は、怪獣娘たちによる笑いあり涙ありバトルありのドタバタコメディ。

　　土间埋（田中爱美 配音），校园中女神一般的存在，成绩优异体育万能，个性温柔正直善良，然而，只有她的哥哥太平（野岛健儿 配音）知道，众人眼中光芒万丈的小埋，在进入家门的那一刹那，就会瞬间变成披着仓鼠斗篷，满地打滚，除了吃就是睡和玩的超级干物女。
　　海老名菜菜（影山灯 配音）是小埋的好友，两人住在同一间公寓中，常常和太平以及小埋一同吃饭。本场切绘（白石晴香 配音）在无意之中捡到了小埋的学生证，于是一路找到了小埋家。橘（古川由里奈 配音）将在学校中视小埋为最强劲的对手，却在没有认出小埋的情况下和她成为了好友。最终，这些女孩子们是否会发现小埋的真实身份呢？

　　新的一年，搞怪夫妇们的故事继续上演。佐村薰炭（田村由香里 配音）快言快语，和她那死宅闷骚的老公十一（铃村健一 配音）似乎依然没有找到合拍的地方。老公对宅文化的热爱全面爆发，令她不胜其扰，两人对话时偶尔鸡同鸭讲。不过这又如何，已然成为夫妇，总会在不经意的地方发现小小的感动。与此同时，佐村夫妇经常和树濑望（坂井俊文 配音）及树濑理乃（钉宫理惠 配音）、山田（外崎大辅 配音）及田中（新谷良子 配音）这两对夫妇以及三木（清水香里 配音）和蛋黄蛋（堀野纱也加 配音）这对奇怪的组合结伴出行游玩。
　　个性满满的朋友们点缀着彼此的生活……

　　牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった!
　　戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。
　　時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。
　　果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?

　　４月６日(月)からシーズン２に突入！
　　プロフェッサー・クローバーとの戦いの行方は！？
　　さらにパワーアップした怪盗ジョーカーを見逃すな！！

　　既没有大城市那般的嘈杂，也没有郊外般闲暇的街道，祖师谷大藏。憧憬着怪兽娘们的组织“GIRLS”的同时，又是一名极其平凡地度过每一天的女高中生·平贺冴月。某一天，因为觉醒了不可思议力量而困惑的冴月，拯救了她的并不是她所憧憬的“GIRLS”而是自称为布莱克指挥官的怪兽娘所率领的邪恶军团“BLACK STARS（暗黑群星）”！？

　　正值炎炎夏日，地处海滨的湘北也被全国大赛的热情所点燃。与海南的艰苦鏖战，让曾经不甚起眼的湘北高中篮球部一战成名。在众多现场观众中，流川枫在富丘中学的学弟水泽一郎也见证了这激动人心的一刻。自从流川毕业后，水泽已经成为富中的顶梁柱，他不断磨练自己的球技，期待早日考入湘北和前辈流川一同称霸全国。而就在此刻，水泽遭遇人生最大的打击。他被诊断患上关节结核，剧烈的疼痛让他面临放弃篮球的命运。为了让水泽毫无遗憾的离开球场，走上手术台，他的姐姐茜找到晴子，希望能安排弟弟和流川共同打一场练习赛以了心愿……
　　本片根据井上雄彦的同名漫画改编，为该动画的第四部剧场版。