美しき吸血鬼に出逢った春休みの後、 空から女の子が降ってくる少し前。 ゴールデンウィーク最初の日、 主人公・阿良々木暦は委員長・羽川翼とともに 車に轢かれた、尾のない猫を埋葬する。 些細でありふれたはずの出来事。 しかし、ここから"悪夢の九日間"が幕を開ける。

单行本第6卷、第7卷和第8卷同捆新作OAD。内容为智世遇到魔法使之前的故事。

这里是《人》《神》《魔》等各种种族都存在着的神秘世界密斯塔尔希亚 活泼的玛娜利亚王国公主——安 内向的龙族公主——古蕾雅 从两人的相遇开始，玛娜利亚魔法学院的生活开始了

故事讲述了怕生的女孩小长井友子和她饲养的3只猫咪的日常。而这3只猫分别是撒娇高手的“玛”、淡定王“罗”、爱哭鬼“西”，她们有着人的形态，有猫耳和尾巴，会说人类语言。

      自称为“狂妄的疯狂科学家”，至今仍是中二病的大学生‧冈部伦太郎。他与他的同伴偶然发明了能送往过去的邮件D-MAIL。由此所引起的，是即使多次过去改变（世界线移动）也会到访的、同伴死去的未来……在绝望的冈部面前出现的曙光，是不论谁也不会死亡的未来，称为“命运石之门”的世界线。跨越时间轴解开各种谜团，冈部终于到达了“命运石之门”。可是，跨越了众多世界线的冈部的头脑，开始出现了庞大的”负荷”……

舞台位于乡下的名门女子初级中学——私立蜡梅学园。 有一位名叫明日小路的少女，梦想着能够穿上这所学园的水手服。 因为某个契机，她实现了这一梦想，于是在紧张中迎来了开学典礼的日子—— 「我要穿水手服」 怀抱着决心，少女梦想的初中生活就此展开♪ 同班同学、学校供餐、社团活动… 小路拼尽全力，奔跑在充满“第一次”的每一天！ 这是少女们闪闪发光的青春日记。 「我能交到很多朋友吗？」

萌田薰子（笔名：薰子）15岁。女子高中生、四格漫画家！搬进漫画家专用的女子宿舍的她，被同室的少女漫画家小梦和TL漫画家琉姬、少年漫画家翼等同伴们所围绕，今天也愉快地绘制原稿，彻夜工作！可爱又有趣的漫画家生活就此开幕！

作为东京峰会召开地的东京湾新设施“海洋边缘”。在峰会召开的5月1日有约2万名警察出动的这一超巨大设施，发生了大规模爆炸案！那里，有隶属于暗中掌控全国公安警察、俗称为“零”的警察厅秘密组织的安室透的身影。秘密暗中出动的安室的神秘行动令柯南不禁感到蹊跷。 根据现场留下的作为证据的指纹，犯人被断定为曾在警视厅就职的毛利小五郎！与安室围绕小五郎的逮捕开始敌对的柯南听说了过去安室曾将嫌疑人逼至自杀的奇妙案件。随后在决定起诉小五郎的那时，在戒备森严的东京都内，同时爆发了多起难以理解的恐袭！ 柯南和公安警察正接近着隐藏在案件后的阴谋，峰会召开那天也被确定是大型无人探测器“天鹅”完成在火星的任务返回地球的日子。究竟，迫近的X日会发生什么？神秘的存在——安室透，究竟是敌人，还是伙伴？

　　一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代 表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！ 　　那个男人再次出现在柯南的面前？柯南能守住宝石吗！？……然后？ 　　当然，那个新一绝不是真的。但是，要证明那个新一是假的的话，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白这一点，很大胆的想和小兰在一起，并且肆意推理基德会从房顶来；这时，在树里任主角的舞台上上演了《约瑟芬王妃》的一幕。被柯南看出真实身份的基德，如何盗走这蓝色的宝石呢！？然后，对柯南他们更大的考验是？

柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。 杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上将她刺杀。 在典礼会场上，短暂的黑暗之后又有一人被害。现场也留下了小酒杯，显示凶手和之前的为同一人。就在警方和毛利小五郎调查案件的时候，琴酒引爆了藏在大楼内的炸药，销毁了黑暗组织和常磐财团的交易证据，同时将楼顶的柯南一行人陷入了危险之中……

薄雾笼罩的京都，一起攸关日本国家安全的大事件即将发生。一艘疑似装载爆炸物的可疑船只靠近舞鹤湾。通过对船上相关数据和零部件的勘察判明，该船很大可能来自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。 就在同一天，江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰以及少年侦探团的各位一同观摩海上自卫队组织的对空作战演习，他们史无前例地登上了宙斯盾舰穗高号，与全国各地聚集来的孩子们一起，被装备了电子武装的高科技宙斯盾舰带来的巨大魄力所震撼。 谁知演习中突发意外，原本虚拟的作战瞬间变成真枪实弹的杀戮。不久，海面上漂浮着的失去左臂的自卫队队员一等海尉笹浦洋介遗体被发现。种种不安与猜测在小兰和少年侦探们的心中蔓延。另一方面，海上自卫队迅速冷静地稳定事态，但始终不能探明敌人的真实身份和他的目标。就在此时，宙斯盾舰上发现了遇害队员的左臂，其配戴的手表指针停止在上午5:30。接二连三的异常事件，迫使大阪府警乘坐直升机赶来，与京都当地的同侪协作展开调查。在此期间，神秘的女性自卫队员藤井七海也登上了宙斯盾舰。 柯南通过随身携带的追踪眼镜、新道具卫星电话手表等装备与灰原哀、阿笠博士取得联系，此外更得到服部平次和远山和叶的协助。最强侦探团全方位通力合作，终于发现了这一系列事件背后的始作俑者——现已秘密潜入军舰内的某国间谍“X”。在此期间，平次和小兰等人的生命相继受到威胁。 X到底有何目的？他的真实身份是什么？自卫队员的左臂以及藤井七海的背后又隐藏怎样的秘密？关系到全日本生死存亡的巨大阴谋，此刻正有条不紊地展开。柯南将于与看不见的敌方间谍进行谍报战，面临危浪绝海的紧急任务。此次柯南能否再次守护朋友，协助海上自卫队保护日本民众免受战争的灾祸？

　　太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在 　　过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 　　今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受 愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。 　　到神海岛度假游玩的柯南一行人遇到了一群来寻找财宝的探险人“treasure追求者”。他们中间笼罩着一种非常诡异的气氛。小兰、园子和他们一起潜水的时候遇到了鲨鱼的袭击，尽管小兰和园子侥幸逃脱，但其中一人被鲨鱼袭击死亡。为了探求真相，柯南和灰原一起展开了调查。海底宫殿中究竟隐藏着怎样的秘密？超越了300年时光的暗号，将由柯南为你解开！

专针对警察的连续杀人案件发生了，警察内部引起巨大的回响。对于想得到案件情报的小五郎，目暮警部却意外地守口如瓶。看到如此情况的柯南，联想到事情可能和警察部有莫大的关系。然后，下一个被枪击的目标居然是佐藤刑警!刚巧在案发现埸出现的小兰受到案件的刺激而被弄至失忆!犯人为了杀人灭口，于是企图把唯一的目击证人杀害!深知情况严重的柯南，为了保护小兰，不惜孤身犯险去把犯人找出来!

发生多起音乐家被暗杀的连续杀人事件。 被杀害的被害人，都是著名钢琴家所带领的音乐学院毕业生。 而他一手创立的音乐厅落成启用，首次特地举办音乐会特别邀请柯南一行人担任与会嘉宾。音乐会的焦点在于巴哈所弹奏的管风琴以及世界著名的小提琴“史特拉第瓦里”的音色，再加上具有绝对音感天才歌手的歌声。但是，就在音乐会活动日开始之前，陆续发生多起可疑事件。然而就在活动当天，柯南一行人所在的音乐会会场突然发生大爆炸。没多久，整个会场就被浓烈的火海所包围…。

柯南用新一的身份在电话不自愿地约会了小兰，陪她看5月3日的午夜场电影，以便请求小兰替他参加森谷帝二教授举办的茶会。柯南为此十分烦恼，不知如何掩饰他变小的事实。 柯南目送小兰离开后，为此烦恼的柯南接到一个电话，是来历不明的炸弹客挑战柯南！少年侦探团收到的引爆遥控飞机、被安装了炸弹的装小猫的篮子，还有环状线的的炸弹陷阱，大家奋力推理，才及时预防了可能发生的意外。可是，最后发现被安装了炸弹的其实是工藤新一和小兰的约会地点－米花町大楼！柯南该怎么办呢？.......

以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团都陷入了恐慌。 柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。“从那么远的距离进行狙击，怎么可能？！”柯南马上与女高中生侦探世良真纯乘坐摩托车追赶逃走的狙击手，意想不到的是狙击手居然连警察的巡逻车都打算一起炸掉，整个追踪过程都被其玩弄于股掌之中。结果，这场激烈的追踪将FBI也卷入其中，犯人以及狙击事件的谜团都消失在了大海里。 于是柯南和世良协力，而警察和FBI合作调查此案，终于查出了美国海军特种部队“海豹突击队（Navy Seals）”的存在。其实这起狙击事件不过是接下来将发生的大混乱的第一步！与此同时，住在工藤新一家的神秘研究生冲矢昴也不动声色地秘密行动起来……

第14弹围绕柯南和基德展开。大富豪铃木次郎吉向基德发出了挑战书，在飞往大阪的机上放了稀有宝石，他并未打算让基德得逞，柯南等人也一同被邀请前去。以天空为舞台的头脑风暴即将上演，《天空的遇难船》将呈现！

大阪的地标日卖电视台突发爆炸事件！ 那时，里面正在录制“皋月杯”百人一首和歌赛记者会，而突发事件让全场陷入恐慌！ 轰然倒塌的大楼里，唯有西部名侦探服部平次和他的青梅竹马远山和叶被困其中，但在千钧一发之际，柯南将两人救出。 在这如同恐怖行动的事件中，众人既不知道犯人所图为何，犯人也没有主动发表声明，这让柯南与平次非常不解。 混乱之中，柯南一行人遇见了自称是“平次未婚妻”的女性。她的名字是大冈红叶。她说自己是【在小时候就向平次求过婚的命中注定之人】。而且，她还是赢得百人一首和歌赛的高中生组冠军，被称作“未来的女皇”。 与此同时，在京都岚山的日式住宅内，皋月杯的获胜选手惨遭杀害。而那时现场的监视器上显示出来的竟是红叶的身影。在那里，某首“歌谣”正在低沉地萦绕——

　　在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 　　“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤” 　　这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是…… 　　就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走（因为手上有炸弹而受到威胁，并非抓走）成为了人质，白马探也受到委托。这些侦探们将与柯南一同挑战谜题。但是，当柯南他们正努力调查敌人的真面目之时，却同时也面临着一连串的危机。而众人追查已久的怪盗基德，居然也在此刻现身！柯南、平次、基德以及小五郎与其它刑事们，将携手挑战这次的强敌。时间一分一秒地逼近着，当大家就要解开所有的谜题时，却又出现了新的难题。柯南究竟会怎样？？

曾经在日本被烧毁的梵高名画《向日葵》在聚集了大富豪的纽约拍卖会场中标。铃木次郎吉以3亿美元的史上最高金额得到了这幅名画，他的目的是收集散布在世界上的7幅《向日葵》。前所未有的大规模展会在以拥有铁壁般的安全系统著称的日本美术馆雷克洛克举办，这一梦幻般的新闻发布至全世界，柯南和兰也关注了新闻转播。次郎吉打算召集通称为“七武士”的专家来保护《向日葵》，但此时怪盗基德突然现身，在发出宣战布告声称自己必定要夺取这幅名画之后便离去。本应该只以巨大宝石为目标的基德为何要夺取这幅画？在下一个瞬间，高中生侦探工藤新一的身影在骚动的会场中现身了，他自称是由于听说了基德的传闻才前来的。而在数日之后，搭载着《向日葵》的客机飞行在前往日本的高空中时，再次遭到白色影子的袭击……围绕着独一无二的至宝，谎言与真实纷繁交错的艺术之谜开幕。

故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是有一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，导致猛烈撞击后引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。 而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾车时，突然心脏病发作。连人带车冲向山谷，车子并在坠落山谷后起火燃烧，设计师即场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外，绝对预料不到，但是居然是一场天大阴谋的序幕。 幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”，作为展开阴谋的地点。恰巧柯南、小兰、小五郎等人，参加这艘邮轮的处女航行仪式，小兰更因而深陷险境，情节惊险万分。

在19世纪末与海盗船一同沉入新加坡近海的、世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”。在当地的富豪将其回收，于舞台上展现其真容时，在滨海湾金沙酒店附近发生了杀人案。现场留下了怪盗基德沾有血迹的预告函。而在那时，为了观看在新加坡举办的空手道锦标赛，小兰和园子到访了当地。 由于没有护照所以无法出国的柯南本来应当在看家，但他被试图利用他的基德以魔术般的方法，强行带到了新加坡。若不服从对方就连回日本都做不到的柯南，眼镜、手表、衣服等全被夺走进行了变装。被没有注意到其真实身份的小兰问及名字，情急之下化名“亚瑟·平井”。 基德得到了在某个宅邸的地下金库中沉睡着蓝宝石的情报。他以为很简单就可入侵成功，但无比危险的陷阱等待着基德。挡在他面前的，是400战无败绩的最强空手道家——京极真。基德的命运是……在那之后，就如预兆着什么不祥之事一般，从新加坡的象征——鱼尾狮中喷出了被染为鲜红的水！

怪盗基德再度发出预告信，目标竟然是俄罗斯-罗曼诺夫王朝的皇室秘宝“记忆彩蛋”。柯南与服部联合保护“记忆彩蛋”，但把作案时间推理错误，令基德得逞，但基德于逃走中途被狙击。 自此引出一连串疑问，名侦探柯南，将于大阪解开一连串事件。