自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。                                    
                               　　其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。

主角·城茂的朋友沼田五郎为邪恶组织·黑撒旦所杀，为了复仇，城茂只身潜入黑撒旦的基地，并假装自愿接受改造手术，成为电气人。但因为手术时城茂偷偷拿掉催眠装置，所以他并未被洗脑。在向大首领宣誓的时侯，城茂趁机逃脱。                                                                      　　在逃脱的时侯，城茂救出了被改造成电波人的岬百合子，之后两人便与黑撒旦和迪鲁扎军团的奇械人、改造魔人展开了战斗。

城北大学学生·筑波洋在练习滑翔机的时侯帮助了被不明组织追赶的改造工学者·志度博士。博士曾是与企图征服世界的组织·新修卡的合作者，但由于组织的残忍做法而令博士的良心受到谴责，从而选择逃离新修卡。洋为了匿藏博士而被新修卡的怪人打至垂死。博士为了救活洋而回到了新修卡，并把洋改造为改造人。                                                                      　　复活后的洋与博士一起逃离了新修卡。而为了保护人类，洋变身了，博士将变身后的洋称作“假面骑士”。

一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。

从《假面骑士Kuuga》起平成骑士系列的世界融合了！巡游于九个骑士世界，破坏与创造的故事即将拉开序幕！                                                                      　　照相馆之女・夏海，梦见了众多假面骑士与谜之敌的交战。为何她能知道敌人的名字为Decade？那种纠葛下，她被楼下住在照相馆的流浪青年・士与客人的纠纷给惊醒。士通过摄影来赚钱，但好像从没拍到过像样的照片， 反而经常把客人们给惹怒。                                                                      　　在夏海找到士的时侯，一阵怪风吹过世界各地开始了异变，怪物开始袭击人类。同时，假面骑士Kiva・渡出现在士的面前并传达给他：                                                                      　　「巡游于9个不同的世界，并拯救它们。破坏所有的假面骑士・・・・・・」                                                                      　　从突然出现的魔化魍手中逃脱的夏海，意外发现了腰带和卡片盒。夏海将腰带托付于士，而士则变身为假面骑士Decade。                                                                      　　就这样，变身为Kabuto、Faiz、响鬼的战斗开始了……                                                                      　　平成骑士十周年纪念作，初期穿越于九个平成骑士的世界，而到了后期更加穿越到侍战队真剑者，平成骑士RX、BLACK、亚马逊等的世界。

每当有人死亡时，Shocker 创建的时间循环就会重置，但每当循环重置时，Shocker 本身就会以某种方式变得越来越强大。骑士们必须决定是继续进行一场无用的战斗，还是通过牺牲自己的一个来永远结束循环。

　　2012年日蚀的一天进行名为“魔宴（Shabbat）”仪式，从而诞生出魔物“魅影（Phantom）”肆虐。
　　本作主角操真晴人在此仪式中生还，如谜一般的白色魔法使把变身系统Wizard Driver交付给他并变身成为假面骑士Wizard。
　　从此踏入守护人类及与魔物战斗的命运。

一万年前,52张卡封印著不死的生命体,直到20世纪,这些封印被破解,使这些不死生命再次苏醒.为了阻止它们在人类的世界进行杀戮,并把他们再次封印於卡内,被称之为BOARD人类基盘史研究所的鸟丸开发变身腰带.而橘朔也和剑崎真一被委托成为假面骑士Garren和假面骑士Blade而展开他们的英雄之战.故事中的初期橘虽然有协助对抗不死生命体,但他亦对剑等人采取对抗态度,但到了故事的中段便恢复正常．故事中还有第三位由相川始变身的假面骑士，命名为卡利斯,他的正体是Undead－Joker，这亦正亦邪的角色令故事更增添丰富，最後出现的假面骑士是由睦月变身的假面骑士Leangle，一开始被梅花Ａ控制，後得剑和橘等人的帮助，最後亦恢复意志，成为正义的战士．