在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。
　　被扭曲的冬木圣杯战争，Saber（阿尔托利亚·潘德拉贡）黑化并杀掉Caster以外的所有从者顺道灭了整个冬木后在大空洞等待Caster的来临。这次战争的Caster为库·丘林，他个人表示如果职阶是Lancer就能秒杀黑Saber，因为主角，玛修和奥尔嘉玛丽的介入，成功停止了这场疯狂的圣杯战争，但Saber和Caster双双消失意味着这场战争没有人获得圣杯。关卡最后消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫加上这次战争的Saber也认识Grand Order，到底是…？

　　经验丰富稳重可靠的贤狼赫萝（小清水亚美 配音）遇见了孤身一人独自旅行的商人罗伦斯（福山润 配音），两人结为了旅伴，携手踏上充满了未知的旅程。某日，他们从教会都市出发，前往赫萝的故乡约伊兹。途中，两人来到了正在举行着盛大祭奠的城市库梅尔森，一位名叫阿马堤（千叶纱子 配音）出现在了他们的身边。
　　阿马堤是一位善良热心的鱼商人，他被赫萝的活力与自信深深吸引，情不自禁坠入了情网。而罗伦斯的内心里对于赫萝也产生了微妙的感情，看着阿马堤对赫萝的热烈攻势，罗伦斯的心中不知是什么滋味，而他同赫萝也似乎陷入了一个误会之中。

　　世界观
　　故事发生在时间和地点皆无法判明的超未来。
　　世界由高度发达的网络（软件）和作为其现实载体的超构造体（硬件）所构成。本该是得益于科技繁荣发展的人类却由于一场灾难丧失了连接网络的资格和能力（相当于公民权）。
　　没有了支配者的AI依据管理规定开始排斥失去了网络连接资格的人类。而忘却了曾经的繁荣的人们，只能在管理系统的阴影下苟且偷生。本作的舞台就被设定在这样一个人类日渐衰亡的世界。
　　都市构造体
　　作为舞台的世界就像一个巨大的高楼或者说是连接了所有建筑的巨大都市。大部分为超构造体所遮蔽，形成了阶梯结构。由于建设者的失控，都市构造体正在无止境地扩大之中，就本作故事发生的时间为止至少已抵达木星轨道面。根据统治局描述，正是都市的这样漫无目的地成长从根本上导致了波及全世界的混乱。其结果毋庸置疑的人口密度极度下降。
　　环境
　　就都市构造体所涉及的范畴由于其间散布的纳米机器人的作用保证了生物学上的病毒的排除实现了无菌状态。而这一成果则是由曾经机能正常运转时候的网络球给予统治局的指示所实现的。同一作者的《BIOMEGA》和《DEADHEADS》作品主体中的由于强力病毒引发的传染病在本作中原则上是不可能发生的。从这些设定中可以推断作为网络終端遗传因子的变异原因的“感染”不等同于其字面上的感染，很有可能是由于系统逻辑上的分歧所引起的。
　　故事大纲
　　探索者雾亥流浪在数千层无边无际的巨大阶梯都市之中。手持可以贯穿一切物质的重力子放射线射出装置追寻着网络終端遗传因子。