时间为公历2034年，在2nd GIG“难民事件”的两年后。增员20人的新重组的公安九课又再临危受命，调查以梵文刺青为标志的恐怖分子的连续自杀事件以及机场人质劫持事件。从疑犯口中得知，潜藏于事件背后的幕后黑手，是一个被称为“傀儡回”的超高级黑客。 　　老将巴特在一次暗中调查时，与久违两年的少佐草薙素子不期而遇，然而重逢十分短暂，素子神秘的行动，以及那句“不要接近Solid State Society”的忠告，就连巴特也误认为素子就是“傀儡回”。 　　因两年前素子的失踪而被任命为队长的陀古萨，正在为神秘自杀事件困惑，另一边厢，又一件头痛的事件接踵而来——发现16名被绑架的失踪儿童，而且这些孩子们都被删去了关于父母的部份记忆，而追查其监护人，竟然都是孤独无依的鳏寡老人。 　　调查越深，事件越发不可思议，失踪小童的数字竟达两万多人，政府官员意欲雇凶自杀，如催眠师般的“傀儡回”无线入侵，陀古萨的宝贝女儿被盯上，甚至陀古萨的性命也差点不保……一个个谜团如沸水般不停冒泡，越演越烈，Solid State Society究竟指的是什么？在大家都茫无头绪之际，素子终于现身，她将为事态带来怎样的转机？

间指向了2030年，自从爆发第四次世界大战以来，各国的政治力量发生了根本性的变化，由于战乱不断，激增的难民终于获准进入日本，以填补因经济不断发展造成的劳动力短缺。而就在此时，一个自称“个别的十一人”的恐怖组织展开了一系列极端袭击事件，难民营、外国领事馆、甚至是总理都遭到了恐怖袭击……
难民抵抗运动的新领导人，同时也是“个别的十一人”的神秘前成员到底是谁？九课所掌握的众多线索也渐渐揭露了令人震惊的事实，在各种恐怖活动和突发事件的背后，有一人在阴影中操作着一切，他们策划的内幕是什么？九课能化解困境，并避免灾难性的内战吗？

2006年には「個別の11人事件」を描いたエピソードを約160分にまとめた『攻殻機動隊STAND ALONE COMPLEX Individual Eleven』が製作され、DVDでリリースされた。

ついに瞬に憑依したハーデス。 ハーデスは一輝の小宇宙に懐かしさを感じ、ジュデッカへと導く。 瞬を取り戻す為に、ハーデスへと戦いを挑む一輝。 その熱き小宇宙がハーデスの心を揺れ動かすが、そこで驚愕の真実が発覚する・・・。 その真実とは、月が太陽を遮り地球を闇で覆いつくす現象 “グレイテスト・エクリップス”。この危機を止めるべく、女神がハーデスの前へと現れる。