2043年7月15日，带有能根据玩家的不同而千差万别，不，已进化到有“无限”可能的独立系统“胚胎“的VRMMO游戏＜Infinite Dendrogram＞发售。＜Infinite Dendrogram＞具备了之前的VRMMO所无法实现的，技术上被认为不可能的玩法，瞬间成为一股潮流席卷世界。＜Infinite Dendrogram＞发布一年后，结束高考后开始一个人在东京生活的青年”椋鸟玲二“，为了纪念漫长考试生活的结束以及被哥哥劝诱，而开启了＜Infinite Dendrogram＞。
利用检测杀意的系统“罔象女”搜查犯罪事件的组织，通称“仓”。 然后，神探·酒井户身为“罔象女”的驾驶员进入犯人的深层心理“杀意世界（井）”，对事件进行推理。 他不断追寻着频繁发生、谜团重重的凶恶事件，以及在其中若隐若现的连续杀人鬼制造者“约翰·沃克”的影子。
