这是人类失去了制海权的世界。蹂躏着大海的威胁，就是那「深海栖舰」。可以与这些威胁对抗的只有，被称为「舰娘」的拥有着往昔舰艇的灵魂的女孩子们——。 与深海栖舰进行对抗的舰队据点，「镇守府」。在那里聚集着多种多彩的舰娘。同时，镇守府是舰娘们通过一日一日的演习等互相切磋琢磨技艺、共同生活着的地方。于某一日，在这镇守府，一位舰娘到任了。 她是，特型驱逐舰—。 其名为「吹雪」。 「我叫吹雪！请多指教！」 吹雪的，以及舰娘们的故事，现在开始了。
平凡的宅男高中生·矢野宗平，某日他的面前突然出现了一位开着坦克并自称为了守护鲁特中尉和哈鲁卡少尉的少女。极大程度欠缺一般常识的军人少女与被卷入这个事件的普通人宗平，描绘日常与军事要素的日常生活。
