那一天，五个世界突然被“门”连接在了一起——我们所居住的蓝色世界，被夜与魔法支配的黑色世界，祈祷着神灵守护的红色世界，由科学与电脑管理的白色世界，以及在军队和武器统治下的绿色世界。 天使、恶魔、妖精、魔女、女神。 在童话与神话中的存在纷纷降临于世。 就在这时，在世界各处，也出现了觉醒了异能的少女。 少女们呼唤着“プログレス”（progress），并向保护、培养设施——青蓝学苑集中。 少女们彼此相遇并结下羁绊，共同对抗五个世界的敌人——将世界引向终结的组织——衔尾蛇。
在希安离去后，维持着和平日常的MIDICITY。但，随着企图歼灭音乐并支配一切的“暗之女王”的出现，前所未有的最大危机正在逼近—— 另一方面，回到现实世界的希安——圣川诗杏，由于在学校的音乐活动中毫无干劲而苦恼。诗杏在突然的瞬间回想起了在MIDICITY度过的快乐日子。而正体不明的某人，正在逼近这样的她的身旁。希安等人的命运究竟会如何！？
