故事发生在一块失落的大陆上。在这个大陆的居民由于失落大陆的影响，其中的一些人具备了能力，亦是他们所说的超能力者。
　　故事中两个原本对立的主人翁刘凤和一马，因为所秉持的观念不同，各自为不同的对象服务。只不过一个名正言顺的替政府办公，利用超能力战士来遏制原居民中的超能力者，使其不滋生事端。另一个却是被指责为反派的为原大陆居民寻求真正的自由、独立。
　　像一马所说的，自由要K自己的手来获得，那才叫真正的自由。别人给与的，别人同样也能拿会去。所以他不愿投K到刘凤那边。以至于两者间不停不休的战斗。
　　因为一起意外事件,刘凤失忆，沦落在失落的大陆。亲身感触到很多事情的他，觉得原来的观念是偏颇的，
　　于是便站在了原大陆居民一边。结果遭到原组织的追杀……
　　了解了一切真相的刘凤，最后和一马成了并肩的战友，亦决定去打败真正造成这一切的罪魁祸首……

　　拥有不幸体质的和泉每次都会遇到倒楣的事情，在高中联考时，他在女强人式守的帮助下，才得以拿回被风吹到树上的准考证，从而考上高中。和泉一直想亲自向她道谢，但没想到的是两人很有缘地就读了同一所高中，并成为了男女朋友。在和泉眼中，式守是一个完美的女朋友，总在危机发生的一刻帮自己挡灾，但没想到她仍是有弱点的。两人的爱情喜剧故事，在高中校园内展开。

　　在本作舞台的2030年代世界中，被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理，所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致，但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界，而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。 在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了，魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”。                        

　　故事发生在位于东京都的音乃木坂学院中，经济不景气，人口老龄化等等的社会问题让这所学校的招生成为了难题。找不到学生，学校只能关门大吉，就在这时，九名少女站了出来。这些对学校感情极深的少女们决定，要为了保护学校不被废校而做出努力。
　　活泼健气的高坂穗乃果（新田惠海 配音），温文尔雅的园田海未（三森铃子 配音），温柔勇敢的南小鸟（内田彩 配音），聪明伶俐的混血儿绚濑绘里（南条爱乃 配音），我行我素的学生会长东条希（楠田亚衣奈 配音），傲娇大小姐西木野真姬 （堀絵梨子 配音），运动系少女星空凛（饭田里穂 配音），默默无闻的小泉花阳（久保由利香 配音），OTAKU宅女矢泽妮可（德井青空 配音），这些勇敢的少女组成了偶像团体，发誓要为了保护学校不被废校而做出绝对的努力。

　　他们拥有梦想。                                    
                               　　总有一天，飞向广阔天空的梦想。                                    
                               　　知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。                                    
                               　　遥远的未来。                                    
                               　　人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着文明。                                    
                               　　在那当中建造的驾驶员居住设施“米斯特汀”，通称“鸟笼”。                                    
                               　　孩子们就住在那里。                                    
                               　　对外面的世界一无所知。                                    
                               　　对自由的天空一无所知。                                    
                               　　他们被告知的使命，只有战斗而已。                                    
                               　　敌人是一切都被谜团覆盖的巨大生命体“叫龙”。                                    
                               　　为了对抗尚未见过的敌人，孩子们乘上被称为“FRANXX”的机器人。                                    
                               　　他们坚信，乘坐其中，就是对自己存在的证明。                                    
                               　　有一位曾被称作神童的少年。                                    
                               　　代号016。名字是广。                                    
                               　　但他现在却跌落谷底。                                    
                               　　是不被人需要的存在。                                    
                               　　如果没有乘上FRANXX，就如同不存在一样。                                    
                               　　在这样的广面前，某天，一位被称作02的神秘少女出现了。                                    
                               　　她的额头，长着两根艳丽的角。                                    
                               　　“——找到了哦，我的DARLING”