离开死者之街过去了两年，威尔也已经17岁了。 作为领主，他发展了“灯火河港”，渐渐地，“兽之森”恢复生机。 但是，不合季节的花朵绽放，森林出现异常。为了解决这个问题而前往森林深处的威尔等人，从森林之王那里得到了不祥预言。 “铁锈的山脉上，会发生‘黑灾之火’，火会熊熊燃烧将这片土地全部烧毁。” 在灭亡的矮人之都“铁锈山脉”中沉睡的灾难是？与新的相遇一起，威尔他们的冒险再次开始！
“只属于自己的宝物” 究竟是什么呢？ 故事的舞台位于帕底亚地区，那里有着多彩的自然，人与宝可梦生活在一起。 “我想请你们为新生和转学生制作一段影片，传达学院的美好之处。” 某天，有3位学生如此受到了学院校长克拉韦尔的拜托。 他们分别是擅长吹奏长笛，但想要逃离演奏会带来的压力，性格内敛的小原； 非常喜欢宝可梦对战，一心想要打败妮莫，性格固执的艾力奇斯； 以及过分执着于寻找独家新闻而总给他人添麻烦，性格天真的荷马。 自顾不暇的他们多少有些磨合不来。 然而，随着和宝可梦一起成长，3人的步调逐渐变得统一……
