主角华园光的学校超精英贵族学校“私立白选馆学园高校”。 在这个有点奇怪的学校中，学生们被按照成绩好坏的顺序分到A到F的各级别中。全年级成绩最优秀的7名学生会进入"Special A"（或叫作"S·A"），这些“精英中的精英”享受特别的待遇。不仅制服和别的学生不同，并且可以在被称为乐园的温室中自修温习。所以学生们都很憧憬Special A级的学生。次一级的A级的学生也只有14名，A级的学生则是进入S·A的候补人选，只要他们的成绩能够超过S·A成员的话，他们就会入选S·A（相对的，也会有S·A成员被降入A级）。

　　精灵和人类，以及神曲。只是以这三个部分所组成世界「POLYPHONICA」为背景的故事 　　不仅人与精灵共存，同时精灵也拥有着力量，两者所生活的大陆——POLYPHONICA。人们依赖着精灵所带来的奇迹，精灵也以人类所奏的音乐为食量，在这个世界所有的物质以及一切地方发挥着她们的力量。精灵被音乐家所弹奏的音乐操控，发挥着力量。那些能弹奏特殊音乐的人们被称为“神曲乐士”，有着无尚的尊荣。平时虽然有着隐身的精灵们，但一部分有力量的精灵会以人类或者动物等姿态实体化，同时作为人类的“好朋友”融入社会生活中。 　　主人公塔塔拉・弗洛恩 ，是培养神曲乐士的弗德神曲学院的学生。虽然无意间与最强的精灵寇缇卡露特缔结了契约，但却因演奏不了重要的神曲处于难以晋级的危险状态。 　　在学院生活中，描写寇缇卡露特与塔塔拉・弗洛恩两人间的爱情及成长。遇到各种各样的事情，被追杀，战斗。 在那之中，不仅能看到角色之间互相成为同伴，更是沿着人类与精灵这不同生物之间相互理解这一大主题而展开的故事。 　　月光皎洁之夜，孤儿院的房顶上两个人相会了。无与伦比的强大精灵——寇缇卡露特与孤独的少年——弗洛恩。 　　「我想让你只属于我一个人的。你那描绘出的魂的形态，只属于我一个人的。——行吗？」 　　精灵吟唱着契约的话语。是那结成羁绊的神圣的仪式。但是，所有的一切对那少年来说只不过是黄粱一梦。 　　之后，时间流逝，那梦的羁绊，在机缘巧合下再次起动。

　　某所中学，总是被邻座的女生高木同学捉弄的男生西片。他为了对此反击而用尽计策，却总是被高木同学看透。季节轮回，升入2年级的西片，这一次他是否能够顺利反击高木同学呢…？
　　「令人心动的微笑」必至，先害羞就输了的“捉弄大战”第2轮比赛终于开幕！

　　故事发生在一座风景秀丽的小岛之上，古森太郎（小野贤章 配音）、中岛匡幸（福山润 配音）和大神信（保志总一朗 配音）是生活在这里的三位少年，每个人都有一段不愿意回忆的悲伤过往。
　　某日，厌倦了一成不变无聊生活的三人聚集到了一起，前往传说中的诅咒之地探险，在“现世”和“幽世”的交接处，三人目睹了十分恐怖而又充满了痛苦的景象。恐惧之中，三人匆忙逃跑，却发现灵魂竟然脱离了肉体，当他们再度找回肉身之后，一切都改变了，三人获得了自由穿梭于两个世界的特异功能。与此同时，古森太郎曾经遭遇过的绑票事件的真相重新浮出了水面。

　　世界的中心，盖特皮亚，过去是无边无际的荒芜不断的魔境。
　　女神从天而降，天空中出现了巨大的“门”。人们在“门”里发现了维持着世界的奇迹源"kirakuri"存在。
　　随着岁月的流逝，盖特比亚作为城市发展起来。
　　在"门”迷宫中专内采集"kirakuri"的宝物猎人出现。维持世界奇迹般的能量，委托给了"kirakuri"猎人的手。
　　主人公凑有一天突然被青梅竹马的优托莉亚叫了出来。
　　在抱着淡淡的期待去了那个地方，凑被优托莉亚告知了“我...我觉得你很适合当社长!”就这样继承了上一代的遗迹，凑的社长冒险生活开始了。

一个现在还存在着忍者的世界中，现代忍者的雇主，是政治家、大企业的干部们。持有强大权力的人当中，有著一些将忍者当作满足自己欲望的道具的人存在。为了对抗这些在黑暗中的“恶忍”，政府开始执行了某个计划―“善忍”―也就是养成属於国家的忍者的秘密计划。为了养成“善忍”而成立的机构，“内阁特务谍报部一课付特殊机密谍报员养成所”，通称、忍学科。在拥有一千名学生的名门升学学校“国立半藏学院”中，不为人知的内面。为了与邪恶战斗，“善忍”们奉献自己的青春，正在“国立半藏学院”忍学科中就读的五名少女，鼓起勇气与恶忍战斗。五位女忍者性格各异，她们分别是飞鸟、斑鸠、葛城、柳生、云雀。

　　全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——                                    
　　拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。                                    
                               　　在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明——                                    
　　从石器时代到现代文明，绝对要赶上这科学史的200万年差距！                                    
                               　　前所未闻的创世冒险谭，就此开幕！                         

　　故事描述，迎接长冬的新威尼斯，在寒冷的天气中练习的阿妮亚一行人，看见样子与平日不同的晃追了上去，却在这个契机下来到了领航员博物馆。出面迎接的人，正是晃的大前辈，同时也是过去作为姬屋传说水精灵的馆长“明日香”。虽说晃与明日香两人同样作为姬屋自创业以来那艘重要的贡多拉继承者，但从晃的言语中得知，接下来备受期待的蓝华却没有那个意思想要继承？无法接受的梓，开始探询背后的理由。

物語の舞台は魔族特区“恩莱島” 記憶なき第四真祖の新たなる戦い!! 月明かりに照らされ、 波打ち際で目を覚ました暁古城。 眼前には修道士のような衣服を 身にまとった白髪の少女の姿が。 「ようやく見つけましたわ、暁古城。 　わたくしの名前は香菅谷雫梨・カスティエラ 　――あなたの監視役ですわ」 東京の南方、三百三十キロ地点に浮かぶ 日本で“唯一”の魔族特区“恩莱島”。 自らの名前以外の記憶を失い、 第四真祖の眷獣を喚び出すこともできない古城。 絶海の孤島で新たな仲間達と挑む、 過酷なミッションとは果たして!?

　　ZOIDS——拥有金属的肉体、动物的本能以及斗争心，                                    
                               　　立于生态系统顶点的最强生命体。                                    
                               　　ZOIDS与人类结下究极的羁绊之时，其隐藏的力量将会觉醒！                                    
                               　　其名为……WILD BLAST！ 

漫画版前传，讲述女主角土宫神乐与谏山黄泉相识之初的一段往事。 土宫家是世世代代保护京都的家族，在一次与强大恶灵的战斗中，土宫家现任家主土宫雅乐的夫人因重伤不治去世。一心要继承夫人体内最强灵兽“白叡”的土宫雅乐，专心于法术的修炼与恶灵的退治，因此冷落了失去母亲后陷入悲伤中的女儿神乐。然而谏山家的养女谏山黄泉却以明朗的性格，逐渐感化了封闭内心的神乐，二人在朝夕相处中，姐妹之情日益加深。 继承了谏山家祖传宝刀“狮子王”的黄泉，在她平时高中生身份之外，还身为环境省超自然灾害对策室的战斗主力，不断清除着各式各样的恶灵。怀着对黄泉的憧憬，以及对死去母亲的怀念，神乐也以实习生的身份加入了超自然灾害对策室，成为队伍里备受大家关爱的小妹妹。 充满残酷战斗但也始终洋溢着温情的日子在一天天的延续，然而随着黄泉的姐姐谏山冥的登场，残酷的命运渐渐将二人卷入其中，走向注定的悲剧……

　　现世的故事发生地点在日本，男主角馆正成的父母在他11岁那年死于恐怖分子的爆炸事件中，身后遗留下一栋大房子和一大笔遗产。馆是一个极富理想的乐天派，总认为世界上所有的不平都一定可以解决，他认为要改变这个世界必须从教育做起，于是擅于美术的他立志要当个美术老师。
　　馆在大学时代参加服务性质的社团，并且志愿到国外，担任帮助清除因油轮沉没所留在海面上的油污之义工，而因此认识一同担任义工的女主角桐竹由花。她后来成为一名自由撰稿的杂志记者，并与馆正成订下婚约。
　　馆正成有一位慈善家叔叔正觊觎他父母的遗产，每每劝他进自己的公司工作，并常常资助他金钱。馆心理很清楚他的目的，所以拒绝这位叔叔。馆的叔叔看中他的那种理想乐天、但不向强势低头的性格，透过他的手下请他做调查海洋污染的工作。不知情的馆正成接下了这个工作，却遭到辐射感染，同时发现这正是他叔叔的陷阱。他虽然通过教师资格考试，却身染重病而使他绝望。在绝望中，属于前世古印加帝国（塔汪汀苏）的战士亚瓦尔的记忆逐渐复苏。
　　另一位男主角三浦恭资在国中时很叛逆，他总是以为没有人能了解自己，对于父母与社会教给他的那些礼教不屑一顾而到处惹事生非，直到有一天遇到美术兼学校剑道社指导老师馆正成，他的剑道武技让三浦恭资心服口服，从此拜他为师学习剑道。
　　在一次全国剑道比赛当中由于馆正成异常的伤人举动，使得三浦恭资非常担心。但是他并没有觉醒—三浦恭资的前世是印加帝国的另一个战士比鲁卡。桐竹由花被杂志社派遣至印加帝国的所在地—秘鲁采访，三浦恭资要求随行，才慢慢的发现自己的前世，但是他始终不愿意承认。
　　在印加帝国的前世里，比鲁卡原本是要献祭的小孩，他从小失怙。为救青梅竹马阿古莉亚(桐竹由花的前世)而杀人，后来在祭坛前被豹神翁沙所救。祭司们认为竟然有豹神相救，一定不是普通人，而且看出他有战士的资质，所以请剑术高超的贵族战士亚瓦尔训练他，亚瓦尔和比鲁卡因此成为好朋友。
　　由于太阳神的神力伊列塔瑟的力量逐渐转弱，祭司们认为要挑选一位太阳贞女才能重新唤起他的力量。亚瓦尔也爱上了阿古莉雅，但是她不幸被选中成为唤醒伊列塔瑟的太阳贞女。亚瓦尔是个有地位、有名声的贵族战士，不知情的比鲁卡认为阿古莉雅如果嫁给他才会得到幸福，因为自己只是身份卑微、孤苦无依的牧童而已。
　　基特王国 (另译基图)这时想要抢夺伊列塔瑟的力量，于是塔汪汀苏（即印加帝国）决定出兵平定。亚瓦尔不愿意放弃阿古莉雅，但是王子瓦思卡尔并不允许。亚瓦尔原本是一个小国的王子，在塔汪汀苏大军征服之后被俘虏，他之所以会有今天的身份地位与名声都是拜瓦思卡尔所赐。印加王任命比鲁卡为另一位王子亚达瓦帕麾下效命，亚瓦尔也投身于瓦思卡尔王子的军队中。当比鲁卡得知阿古莉雅被选为太阳贞女后，对亚瓦尔没有尽到保护的责任非常不谅解。其实亚瓦尔也是无能为力的，只能眼睁睁看着他心爱的人被送上祭坛。
　　经过激烈的战斗，塔汪汀苏终于征服了基特王国，但是比鲁卡也身受重伤。这时老王瓦讷卡巴克（另译瓦伊纳?卡帕克）驾崩，两位王子为了争夺伊列塔瑟以继承王位而爆发内战。然而亚瓦尔却趁情势混乱的时候夺取伊列塔瑟的力量，意欲将混乱的世界毁灭，以重新建立自己心目中的理想国度，引发比鲁卡的反对与阻止，两人成为敌人，最后也都牺牲了。
　　接着恩怨持续转承至现代，那些在馆与三浦周围，其前世同样为印加帝国的战士与神官的人们也逐渐苏醒了。馆意图重新发动伊列塔瑟的力量毁灭世界，三浦欲再度阻止，那些觉醒的人们分别支持他们两人的作法而形成两边敌对的阵营互相斗争，三浦恭资在自己与比鲁卡、杀与不杀自己恩师的矛盾之中，要如何解除这个危机呢？

　　人声鼎沸的赛场中，正在进行一场激烈的男女混合双打比赛。虽然结果早已内定，但是男组一方的面具男M意外击败女组。为了避免老板追杀，他和搭档落荒而逃，临行之际还不忘捎上心仪的对手S女士的玩具人偶。趁着夜色，他回到了从小生长的孤儿院。所谓孤儿院实际就是岌岌可危的破屋子，由好心的修女经营。面具男与孩子们快乐玩耍，同时见到了新来的美丽年轻修女。孤儿院愈加简陋，继续修缮，而丢掉工作的面具男却无计可施。就在此时，他接到老板打来的电话，原来S女士向他发起挑战，两人即将进行一场无规则大赛，获胜者将得到五千万日元的奖金。
　　为了给孩子们修房子，当然也为了见到梦寐以求的S女士，面具男M再度登上擂台……