西暦5012年。 突如地球へと飛来してきた＜エイリアン＞と、 彼らが生み出した＜機械生命体＞により、 人類は絶滅の危機に陥った。 月へと逃げのびた僅かな人類は、地球奪還のため、 ＜アンドロイド＞の兵士を用いた反攻作戦を開始。 しかし無限に増殖し続ける＜機械生命体＞を前に、 戦いは膠着状態に陥る。 人類は最終兵器として、 新型のアンドロイド＜ヨルハ＞部隊を 地球へと派遣した。 西暦11945年。 「第243次降下作戦」が決行され、 新たに＜ヨルハ＞部隊の＜2B＞と＜9S＞が 地球へと派遣される。 両名は機械生命体の基幹ユニット＜アダム＞及び ＜イヴ＞の撃破に成功。 これを敵の殲滅、及び永きに亘る 戦争終結への好機と捉えた＜人類軍＞は、 機械生命体に対し総攻撃をかける決断を下す。 これは運命に翻弄された＜アンドロイド＞たちの、 戦いと願いの記録――。
高中生日暮窦子（铃川纱由 配音）拥有看见其他人内心颜色的能力，她憧憬着同学作永君（高石明里 配音）身上亮丽的色彩。作永退学后，窦子在小镇的旧书店找到了她，并结识了同样拥有明亮色彩的少年影平路易（木户大圣 配音）。在窦子的提议下三人组成了乐队，开始创作起属于自己的歌曲。因音乐结缘的三人关系逐渐拉进，却也各怀心事：窦子一直隐瞒着自己“能够看见他人颜色”的秘密；作永向家人隐瞒了自己退学的事实，路易则瞒着母亲搞起了乐队…… 随着校园庆典的临近，从音乐中获得安慰与力量的三人，在日吉子老师（新垣结衣 配音）等人的帮助下，决定用人生的第一场演唱会直面真实的自己。
