自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。
　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

　　＜第４话＞”美しき翼”
　　美しき翼YOMIのリーダー叶翔がついに动き出す！！
　　暗の一影九拳も揃い物语は加速していく！
　　一方美羽とケンイチは初のデートへ、そこに现れたものは・・・
　　美羽出生の谜とは？、一なる継承者とは？！！
　　＜第５话＞”死神対悪魔”心优しき巨人アパチャイ・ホパチャイ
　　裏ムエタイ界の死神の异名を持つ彼がなぜ梁山泊に住み着いたかを解き明かす
　　超スペクタクル冒険活剧！第５话”死神対悪魔”
　　２本同时収录の豪华版！！！

　　OVAの内容は
　　１话目：「ガード下の破壊神」
　　武田先辈の师匠探しのお话です。
　　ジェームズ志场先生はもちろん、新白连合达もわっさわっさ登场しますよ～＾＾
　　２话目：「匿名希望（18歳）♡」
　　兼一の地下格闘技场のお话です。
　　レイチェル姉さん、美しい＆かっこいいです！！！！
　　そして逆鬼师匠とアパチャイ师匠のやりとりも必见です（笑）
　　おまけ：「闘忠丸の优雅な生活」

　　在星奏学院里，学生被分为两类，一类是就读于普通科的平凡学生，另一类是就读于音乐科的能够看见音乐精灵的演奏天才。在一次偶然中，普通科的日野香穗子（高木礼子 配音）撞见了音乐精灵莉莉（水桥香织 配音）。莉莉赠予了完全不同音律的香穗子一把魔法小提琴，只要和小提琴心意相通，就算是完全没有经验的初学者也可以演奏出美妙的旋律。
　　凭借着魔法小提琴，香穗子被选中参加了学校的音乐演奏会。这突如其来的新人遭到了许多学生的妒忌和算计，但香穗子也因此结识了一帮热爱音乐的良师益友。冷酷毒舌的月森莲（谷山纪章 配音），沉默温柔的志水桂一（福山润 配音），开朗率真的土浦梁太郎（伊藤健太郎 配音），双重性格的柚木梓马（岸尾大辅 配音），在和这些天才们相处的过程中，香穗子发现，自己对于音乐的心意渐渐的发生了变化。

　　C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......

　　学校里的音乐大赛结束了。可是日野香穗子仍然一如既往地进行着小提琴的练习。她再次对自己与其它参赛选手之间的实力差距有了认识，但仍然抱着喜欢小提琴的心情全心投入地继续努力着。可是此时有一个看到她练习时样子的少年卫藤桐也，却对她的努力报以冷淡的语言。而且随着星奏学院下一任理长吉罗晓彦的登场，发生了更加令人震惊的事件！在这种情形下，香穗子的面前又出现了一个神秘的转学生加地葵……

　　小日向奏的琴弦：那不是香穗子的琴，而是奏小得时候参加比赛会时琴弦
断了，当时参加比赛的另一个人也就是冥加看见了，给小日向奏换了一条金色的琴弦，而小日向奏赢得了比赛，而冥加输给了她。冥加当时还有一个妹妹，他们没有父母，有人看上了冥加的小提琴演奏才华，提出只要赢得比赛就领养他与他的妹妹，但是比赛中遇到了奏，奏偷听到了冥加与别人的交易，知道冥加只要赢了比赛就能被人领养，便故意输给了冥加。冥加觉得那是在侮辱他所尊敬的音乐，所以冥加就对奏怀恨在心，同时也视其为唯一的对手，而奏觉得是自己的演奏伤害了别人，从此以后比赛在不尽力，也失去了她原有的小提琴水平。

　　第14回サイバーフォーミュラWGPX。その最終戦でハヤトの指示にアスラーダが異を唱えたのが発端となり、違うマシンに興味を抱いたハヤトは新シャーシの完成を待つこともなくガーランドで15回大会に挑む決意をする。                                    
                               　　15回大会は開幕から大波乱を巻き起こした。新条を解雇し今日子を副社長に格下げしたアオイが、新オーナーに名雲京志郎を、新ドライバーにフィル・フリッツを起用。そして謎のニューマシン『アルザード』で超人的なタイムを叩き出したのだ。その速さに焦りを感じるライバルチームをよそに、次々と優勝をさらうアルザード。                                    
                               　　誰も寄せ付けないその驚異のスペックに、ハヤトさえまともに勝負できず自暴自棄になる。しかしアメリカでストックカーをしていた新条の言葉に目を覚まされ、謙虚にアルザードに挑もうと決意した。                        

　　全52话                                    
                               　　2009年4月5日 - 2010年3月28日                        

宫泽雪野是公认的模范优等生，无论是成绩、性格、还是外貌都无可挑剔。因此，同学们将她作为偶像一样崇拜。但是，真正的雪野是一个虚荣心极强的人，为了获得别人的赞赏，几乎什么事情都做得出来。好脾气是装出来的，好成绩是通宵学出来的，可爱的样子是对着镜子苦练的结果。只有在自己家中，雪野才会卸下那个假面具，变成一个不修边幅、任性的普通女孩。 升入高中后，雪野命中的克星出现了，她的生活完全被破坏了。有马总一郎，出生于医生世家，学业、体育等各方面都非常出色，比雪野更十全十美，也是女生们心中百分百的白马王子。同学们的注意力渐渐集中在有马身上，雪野第一次尝到了被忽视的滋味。于是，雪野将有马作为头号敌人，开始制定打倒他的作战计划，决心重新成为学校的焦点。