故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。 同样优秀的，还有副会长四宫辉夜（古贺葵 配音），虽然各方面都属拔尖，但她的性格却给人一种冷淡的感觉。实际上，白银和四宫在情感上相互吸引着，只是他们谁都不愿意首先迈出第一步，而是想方设法逼迫对方行动，一转眼半年过去了，两人的关系可谓是毫无进展，这可怎么办呢？
真城最高（阿部敦 配音）是一个在绘画方面极有天赋的少年，年纪虽小却已经获得了大臣的认可和赏识。可是，从事漫画行业的叔叔之死让他放弃了创作漫画的梦想，封闭起心灵，过起了得过且过的放浪生活，直到好友高木秋人（日野聪 配音）出现在了他的面前。 秋人的梦想是成为一名漫画家，可是，在文学创作上独树一帜他却对漫画一窍不通，在得知了高城的过去后，他向高城发出了邀请：“我写剧本，你创作，让我们成为漫画家吧！”虽然高城心里有千百个不情愿，无奈自己暗恋同班同学亚豆美保（早见沙织 配音）的把柄抓在秋人手上，就这样，两人踏上了成为漫画家的修罗之路，而高城对漫画的热爱也慢慢的被重新点燃了。
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手（Imagine Breaker）”，而得到吊车尾的“无能力”的评价，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录（茵蒂克丝）”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在……。 就像是在呼应魔法侧一样，科学侧的学园都市也开始了行动。但是，为了与突然开始对立的世界变化相抗争，那些因为上条的关系，而使命运大为改变的“英雄”们不断地出现。 就像上条当麻做过的那样，他们也挺身而出与世界对峙。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
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