初恋限定。

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

107年前（743年），世界上突然出现了人类的天敌“巨人”。面临着生存 单行本封面 单行本封面(13张) 危机而残存下来的人类逃到了一个地方，盖起了三重巨大的城墙。人们在这隔绝的环境里享受了一百多年的和平，直到艾伦·耶格尔十岁那年，60米高的“超大型巨人”突然出现，以压倒性的力量破坏城门，其后瞬间消失，凶残的巨人们成群的冲进墙内捕食人类。 艾伦亲眼看着人们以及自己的母亲被巨人吞食，怀着对巨人无法形容的憎恨和痛恨，誓言杀死所有巨人。城墙崩坏的两年后，艾伦加入104期训练兵团学习和巨人战斗的技术。在训练兵团的三年，艾伦在同期训练兵里有着其他人无法比拟的强悍精神力。即使亲眼见过地狱也依然勇敢地向巨人挑战的艾伦，如愿以偿加入了向往已久的调查兵团。 在他正做着到墙壁的外面去这个梦的时候，毁坏墙壁的超大巨人出现了。

1912年，实业家涉泽荣一请到了土御门家的阴阳师平井保昌和物理学家寺田寅彦施行东京改造计划，运用灵力保护国都。魔人加藤保宪唤醒了一千年前的叛臣平将门的怨灵，企图毁灭东京。他选择了将门末裔辰宫由佳理作为灵媒。在平井以及大文豪幸田露伴的守护之下，加藤的阴谋没有得逞，但由佳理腹中却开始孕育拥有恐怖力量的新生命。平井在明治天皇驾崩之日自杀。1923年9月1日，加藤引发了关东大地震，在殊死搏斗中幸田将其打伤，最终将门怨灵没有觉醒，东京被保住了。在涉泽的努力下，东京迅速重建。1927年，日本首列地铁即将开通，而加藤放出的魔物妨害了这项工程，寺田运用西村真琴发明的日本第一台机器人解决了问题。不久后，加藤的能力完全恢复，企图再次破坏东京……

人族领地遭到灰猿人族和猪人等亚人种入侵，战乱时代持续不断。                                    
                               　　拉格村的少年·凯为了守护村庄，每天都在战斗中度过。在被称为“加护者”的强大力量持有者的严酷战斗中，伙伴们接连倒下，而自己却突然回忆起本不该经历的不可思议的记忆。那是比这个世界更先进的文明技术和人们生活的知识。然而，原本只是一个普通村民的凯，不久后将被卷入巨大的考验之中。在残酷的世界中，一位少年的战斗与成长的壮丽奇幻故事在此展开。

　　为了潜入名校，西国能力最强的间谍

リズとの対決を経て自主退学を選択したレゴシは、コーポ伏獣での一人暮らしを開始。一方、青獣ビースターを辞退し卒業したルイは、父・オグマに向き合う決意を固める。キャンパスライフを謳歌するハルにも悩みは尽きず…。その頃、現役ビースター・ヤフヤは、殺獣に快楽を求める凶悪犯・メロンを追っていた。レゴシとメロン、交わるはずのなかった運命を結びつけたのは、レゴシの家族が秘めたある秘密だった…。