孤独摇滚！

在美国的国际宇宙开发研究所，对开发宇宙有着无比热情的年轻研究员·冲一也自愿接受成为行星开发用改造人·代号“Super 1”的改造手术。                                                                      　　但是，知道Super 1存在的黑暗国家·多古马王国要求把Super 1交给他们。之后，拒绝交出Super 1的研究所被多古马派出的怪人所摧毁，存活下来的一也决心与多古马抗争到底，但现在以他自己的力量还不能变身。                                                                      　　一也为了学习变身的奥秘而回到日本，拜赤心寺门下，学习赤心少林拳。半年后，经过地狱般磨练的一也终于掌握了变身成Super 1的技巧，并展开了与多古马的怪人战斗。

拯救将近毁灭的世界不是一件简单的任务。因此，当城之内获得了四人的异国旅行的机会，游戏和他的朋友决定要珍惜这次难得的旅行，大概他们是这么认为的吧！在到达他们的目的地之前，他们的飞机失事，他们到了一个荒芜人烟的森林，遇见了神秘的 Dr. Alex Brisbane。Dr. Alex Brisbane惊奇地发现了，距离埃非常悠远的这个地方，有一个秘密的金字塔，通往另一个世界，胶囊怪兽的世界。                                                                      　　当游戏和他的朋友进入这个金字塔的时候，他们魔法传送到远古生物居住的危险王国，他们在一个神秘的迷宫中迷路,为了要找到通道回家,作了许多试验。                                                                      　　当游戏在生命危险的时候，他把的决斗盘换为 Capsule Shooter，一场生死决斗开始

　　在这个世界上，存在着一种名为“怪灵”的生物。故事发生在弗塞亚学院之中，在那里，设立了名为“脑机能异常对策室”的机构，专门解决怪灵带来的危险和麻烦。一条晴彦（下野紘 配音）是一年级新生，亦是对策室的成员，他拥有能够使用绘画封印怪灵的能力，是足智多谋的军师。                                    
                               　　川神舞（上坂堇 配音）是一条晴彦的学姐，个性开朗行事冲动的她常常惹出不少的麻烦，和晴彦组成了搭档相互取长补短居然格外的般配。除此之外，温文尔雅的千金大小姐和泉玲奈（早见沙织 配音），特立独行的孤高展示水无濑小系（内田真礼 配音），这些孩子们集结在一起，为了保护他们挚爱的朋友和家园向怪灵发起了宣战。

　　2010年11月“β世界线”——主人公·冈部伦太郎跨越无数的苦难与悲哀，终究还是放弃拯救“她”的世界线。跌落失意谷底的冈部伦太郎。担心着他的同伴们。没能得到拯救的“她”将会变得如何？迎来新的角色，描绘而成的“零”之物语。

　　1989年，日本。
　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。

　　“我……杀了弱小的自己。 　　才不会让给你————————两仪式” 　　意外事故以来，两年。 　　持续昏睡中的两仪式，一直都触摸着“死”，同时也畏惧着“死” 　　终于觉醒了。 　　但是等待着她的是，饱含深深孤独与绝望的景色。 　　所失去的是一直在同一容器中，常在一起的碎片“织”。 　　得到的是能直视万物死之线的异形之力“直死之魔眼”。 　　带着连两仪家都所不知的，为了能到达报复养育式这一存在的结果。 　　很喜欢做梦，织。 　　抱着深深的杀人冲动，织。 　　现在已经哪都不在了。 　　即使因无法言喻的丧失感与死的感触使少女变的空空如也。 　　即使察觉到对于灵体来说，这样的容器是他们所追求的最高目标——。 　　有一位少年想要守护这样的少女。不，应该称为青年了。其名叫黑桐干也。 　　他的上司玲珑是位非常美丽的人偶操纵魔术师，不过现在只是工房“伽藍的堂”的老板。其名曰苍崎澄子。 　　某天，澄子想和式见面。以什么名义去见她呢？ 　　姑且以生活指导员的名义吧。为什么想去见她？那是缘分。 　　一见，时间缓缓流逝。但是终于迎来了结束。 　　某夜，为了空空如也的容器，灵体为了肉体来袭击了。 　　刹那，少女眼中映现出的是能抓住死之凶煞静谧的线。握在手中的是小刀。闪耀的瞳孔。如斯，少女决意自身的四肢迈出第一步。

“荒耶，你在追求什么？”“真正的睿智。”“在哪里追求？”“只在自己的心里。” 1998年11月，胭条巴遇到了两仪式并被她吸引。胭条巴每晚都做噩梦，自己犯下的罪行不断重现。两仪式为了调查事件的真相，前往胭条巴的寓所，却不知道，他们不知不觉已经进了敌人的圈套——复杂的“矛盾螺旋”。 而在这一切的背后，是名为荒耶宗莲的男子。他宿命的劲敌是魔术师苍崎橙子，最强的人偶师。伽蓝堂全体出动，赌上性命的战斗即将开始。 「アラヤ、何を求める」「―――真の叡智を」「アラヤ、何処に求める」「―――ただ、己が内にのみ」その男は悠久の時を経て、万物の霊長たる人間の営みに絶望し、その最期を見届けるために、万物の始まりにして終焉である「根源」を渇望して、死の蒐集を始めた。名を荒耶宗蓮という。かつて、彼には遠い異国の学舎(まなびや)でひとりの好敵手がいた。名は蒼崎橙子。3つの原色のうち赤の称号を得た魔術師で封印指定を受けた最高位の人形師。ふたりは、いつかどこかでまみえる宿命だったのだ。その場が、皮肉にも橙子の住む町に建つ、自身も関わった螺旋の地だったのは、常に根源に至ろうとするモノを妨害すべく現れる「抑止力」のなせる技なのかは誰も知る由がなく。抑止力―――そのひとつは、霊長である人間が我が世を存続させるべく、身勝手に願う無意識の集合体。もうひとつは、人間の活動などお構いなしの、この地球が生き延びるための生存本能。果たして、そのどちらかがどう作用したかはわからぬまま、ふたつの不可解な事件が起き、無限に続くはずの日常から外れてしまった存在があった。その名は・・・。両儀の家に生まれ落ちたからこそ得てしまった力と身体を持て余す、両儀式。その肉に未知への扉を見いだす、荒耶宗蓮。彼の企みに気付く、蒼崎橙子。思わぬ事態に翻弄されながらも揺らがない想いを抱く、黒桐幹也。そして式と出逢い心惹かれる、臙条巴。彼らの遭遇は、偶然か必然か。「偶然というのは神秘の隠語だ。知り得ない法則を隠すために偶然性という言葉が駆り出される」橙子の語る言葉の通り、今、誰も知らない、けれどすでに示された路に向かい、それぞれが突き進む。