该片改编自沙村广明所著同名漫画，讲述了拥有不死之身的独眼剑客万次与双亲被剑客组织“逸刀流”杀死的少女凛相遇，为她担任保镖并帮助她复仇的故事 。 传说中恐怖的百人斩剑客万次，他因为失去妹妹而找不到生存的意义，且被神秘的老太太强行给予了“永恒生命”，即使伤痕累累，也可以重生，拥有着想死也不死不掉的“不死之身”。漫长的时光里，他的剑术也日渐迟钝，生命对于他而言，不过是永恒而孤独的生存。有一天，发誓替被杀死的双亲复仇的少女凛求助于万次。看着与妹妹相似的凛，万次决定保护凛，并且帮助她报仇。“不死之身”的万次被迫展开一场殊死决斗
15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
故事发生在地处偏远的小岛“浦岛”上，虽然那里风景如诗如画民风淳朴又自由，但世世代代都生活在那里的原住民们，他们被曾经发生过的事情和古老的繁文缛节所限制。随着时间的推移，无法看到未来希望的居民们开始自暴自弃。 一天，一位名为三千里切那（铃木达央 配音）的男子被海浪冲到了沙滩上，失去了重要的记忆的他，只知道自己背负着拯救世界的使命。在岛上，切那邂逅了只在夜晚出门的顽固家里蹲御原凛音（田村由香里 配音）、个性大大咧咧有些男孩子气的枢都夏莲（阿澄佳奈 配音）和拥有着悲惨身世灵感力极强的伽蓝堂纱罗（山村响 配音）。
