自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
我是圭太，一名正准备中考的学生。 我正在一对双胞胎姐姐的帮助下努力学习。 但该说是幸福呢还是不幸呢，两人都超积极！ 而且都是回头率十分高的美少女。 究竟这禁忌之恋能否实现呢？…… 啊不是！是能否考上高中呢！？ 当初圭太虽表现得很讨厌，但逐渐和双胞胎姐姐亚香、理香的距离缩短了…… 在姐姐们各自的要求下，嘴唇曾几次互相重叠。 在不知不觉间已向禁断的二等边三角关系迈进……
平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感而遭人戏称为“路人”，但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。
怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？ 此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！ 同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……
公元2307年，地球的化石燃料枯竭了。经过将近半个世纪的建设后，建成了全长5万千米、以3条轨道升降机为中心的太阳能发电系统。为了建造出这个能制造半永久能量的巨大建筑物，世界形成了3个巨大的国家联盟：以美国为中心的“世界经济联盟”，通称UNION；以中国、俄罗斯、印度为中心的“人类革新联盟”；新欧洲共同体AEU。由于轨道升降机过于巨大，防卫变成了十分困难的任务。但各国军队依然为了自己的威信与繁荣进行着大规模的zero-sum game（任何一方都得不到好处的竞争）。这样的世界，要为其花上句号的组织出现了——拥有机动战士高达的“天人”私人武装组织。他们为了消除世界的纷争，展开了超越民族、国家、宗教的作战行动。高达驾驶员刹那•F•清英决心改变这个世界。
千叶县立总北高中的新生小野田坂道（山下大辉 配音）是一个地地道道的动漫宅男，他身形瘦小，貌不惊人，动漫元素占据了他的脑瓜。无奈初中时代没遇到任何同好，好不容易升上高中，却发现梦寐以求的动画研究部因人数太少而废部。这个与周遭格格不入最喜欢蹬着自行车前往45公里外的宅男圣地秋叶原购买新出的游戏和手办，在人烟稀少的坡道上哼唱动漫主题歌是他无比惬意的时刻。偶然机缘，他结识了为打败宿敌御堂筋翔而艰苦训练的自行车竞技选手兼同级生今泉俊辅（鸟海浩辅 饰），其骑着淑女车轻松爬坡的样子令后者大为震惊。看似没有任何优点的小野田，以此为契机加入了高手云集的自行车竞技部，全新的青春之门为他打开…… 本片根据渡边航的同名原作改编。
本作の舞台は、5月4日に放送がスタートするテレビアニメ7期と同じく、ヒーローと敵＜ヴィラン＞の戦いによって荒廃し、敵＜ヴィラン＞収容施設から脱獄した者・ダツゴクが蔓延る社会。デクたちヒーローと敵＜ヴィラン＞の最終決戦の直前、世界を揺るがす大きな事件が巻き起こる。
