在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
「神健」是个在路边修车勉强维生的修理工，然而大部分都被认为是个路边的骗子。有一天，神健遇到了花钱不眨眼的「杰伊克」，为了可以保住这个「贵客」，神健在修车时动了个手脚，只为了让杰伊克的车几天后自己故障，然后再次找自己修车。原以为自己抓到了一只肥羊，然而知道杰伊克与危险的事件有关联后，一心只想摆脱杰伊克的神健却越是挣扎越是无法摆脱⋯
相良宗介中士是神秘的国际组织米斯利尔特殊部队成员，这一次任务是化装成高中生潜入都立阵代高校，去保护一位16岁的女高中生千鸟香奈芽，这位蓝发少女似乎和普通的女高中生没有什么两样，但却成为各国间谍秘密争夺的目标，为了保护千鸟，宗介与其他神秘组织对峙，使得都立阵代高校成了一块危险之地，校内随时发生疯狂的机枪扫射及山崩地裂的爆炸事件。 宗介与高卢决战之后，宗介继续担任千鸟的贴身保镖，可是他的性格无疑又为校园的安全和世界的和平蒙上了层层阴影，作为学生会副主席的千鸟当然不能袖手旁观，在宗介作出一些危险的事情之后，一场痛打是免不了的。 P.S. 本作故事发生时间被设置在第一季与第二季之间，看完第一季后再看本作观感更佳。
从昭和到平成，转眼过去了二十年时光。匆忙奔波的闹市中，松野家的六胞胎不留神便长大了。他们分别是长男小松（樱井孝宏 配音）、空松（中村悠一 配音）、轻松（神谷浩史 配音）、一松（福山润 配音）、十四松（小野大辅 配音）以及椴松（入野自由 配音）。虽然有着极其相似的容貌，不过阿松们性格各异，而今他们已成年人的姿态行走于社会，用独到犀利的眼光见证着光怪陆离世界每一天的变化。他们相互吐槽，机锋不断，思索着人存于世至高无上的终极问题，也揭露着当下社会的症结所在。你乐了，那是因为他们无情批判着现实。你哭了，那是因为你恰好深陷其中…… 本片根据日本漫画名将赤冢不二夫的经典名作改编，是赤冢老师诞辰80周年纪念作品。
突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。 意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。 为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力， 被称为“子体”的兵器。 负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。 因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”， 他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。 身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年， 两人漫长且炙热的故事就此展开。
故事描述日本在16年前成立名为《公序良俗健全育成法》的法规，自此所有与“性”有关的文句都遭到禁止。某日，高中生奥间狸吉终于如愿进入崇拜的学姐安娜担任学生会长的风纪优良名校就读，但刚入学就遭到名为“雪原之青”的下流梗恐怖份子抓住把柄，被迫成为下流梗恐怖组织“SOX”一员。
特别喜欢游戏和金平糖的高中生白柳启，有一天，被一个自称是魅音的神秘女子卷入了战场。 魅音对聚集起来的人们说：“你们已经没有户籍了。” “请成为实验观测器吧。”在场的每人都被给予了特殊的能力参加各种项目。 下定决心要摧毁这一组织的启，以谁都无法预料的能力和罕见的“脑”能力为武器，新时代的头脑派能力战斗开始。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
