和风吹拂的美丽大地·阿斯特雷亚大陆。 在大陆的一角，失去记忆的少年·佑树醒了过来。 照顾他的小小向导·可可萝。 总是肚子空空的美少女剑士·佩可莉露。 略显高冷的猫耳魔法少女·凯露。 他们就这么在命运引导下，建立起名为「美食殿」的公会。 现在，佑树与她们的冒险即将开幕——
唯我成幸（逢坂良太 配音）是一个看上去非常平凡的青年，唯一的优势就是每门学科都取得了很好的成绩。学校里有一个可以免除考试以及学费的特别VIP推荐名额，为了得到这个名额，成幸主动提出要担任帮助同学学习的教育指导员的职位。 被称为“文学之森的睡美人”的千金大小姐古桥文乃（白石晴香 配音）、被称为“机关精巧的拇指姑娘”的理科健将绪方理珠（富田美忧 配音）、被称为“白银的漆黑人鱼公主”的游泳部种子选手武元润香（铃代纱弓 配音），需要成幸辅导的，是这三位校园里的传奇人物。原本以为是非常轻松的工作，没想到这三个姑娘虽然在某一方面非常优秀，但在不擅长的科目上真的是令人大跌眼镜。
故事发生在名为“眉难”的高级中学里，由布院烟（梅原裕一郎 配音）和鬼怒川热史（西山宏太郎 配音）是社团“地球防卫部”中的一员，某日，在澡堂里，两人意外邂逅了名为翁巴特（麦人 配音）的神秘生物，翁巴特提出了一个离奇的请求，那就是希望他们能够“守护地球”。 次日，翁巴特再度现身于校园之中，误打误撞之下，与其说是天真烂漫不如说根本就是一个笨蛋的箱根有基（山本和臣 配音）、爱财如命的鸣子硫黄（白井悠介 配音）、校园超人气男神藏王立（增田俊树 配音），以及由布院烟和鬼怒川热史五个人，成为了为保护地球而战的“变身少年”。
作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样kkju.cc每天不停地战斗…… 就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“若能去神滨的话，魔法少女就能得到拯救”。魔法少女与传闻集中的城市，神滨市。寻求着自己失去的愿望，环伊吕波的故事开始了——
