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　　学園ヴァンガード！？
　　この物語の主人公・先導アイチが葛木カムイ、戸倉ミサキとチームを組みVFアジアサーキットを制してからはや数か月・・・中学生だったアイチは高校生になっていた。
　　アイチの通う学校は優秀な生徒たちが集まる名門として知られる宮地学園高等部。ヴァンガードを介して友達となった森川カツミや井崎ユウタといった同級生たちは別の高校に進学し、アイチは孤独な環境で高校生活をスタートする。
　　入学した当初は慣れない環境に戸惑ってばかりのアイチだったが、馴染みのカードショップ「カードキャピタル」の仲間である櫂トシキや三和タイシたちのアドバイスを受け、学校生活を充実させるため、アイチは学校にヴァンガードをする部活「カードファイト部」を作ろうとする。

传说中，世界上存在着名为“第四真祖”的吸血鬼，他的实力之强足以驾驭凶猛的十二眷首，脾性之邪恶即将散播让人类陷入绝望的灾难。为了找到并消灭这即将出现的末世魔王，狮子王机关派遣了名为姬桐雪菜（种田梨沙 配音）的见习剑巫少女，赋予其最强武器灵枪，命其前往弦神市。                                    
                               　　让雪菜没有想到的是，传说中阴险可怖的第四真祖，其真实身份竟然是名叫晓古城（细谷佳正 配音）的平凡少年，他就读于私立彩海学园高中，和大多数高中男生一样，每日过着平静的生活。就这样，雪菜来到了晓古城的身边，充满了惊险与波折的“非日常”校园生活就此正式拉开序幕。

身为蒙太古（石井康嗣 配音）的儿子，罗密欧（水岛大宙 配音）一出生就拥有着显赫的家世，然而，叛逆倔强的他并不愿意走上父亲为他一手安排好的道路，为了能够体验生活了解民情，罗密欧决定“微服出巡”。在一场盛大的舞会中，罗密欧遇见了名为朱丽叶（水泽史绘 配音）的女子，朱丽叶的美丽和开朗深深地吸引了罗密欧的注意，两人之间产生了真挚的感情。                                                                      　　然而，罗密欧并不知道，朱丽叶出生于曾经显赫一时的凯普莱特家族，而如今，她却成为了这个惨遭灭门的家族中的唯一后代，而致使这一惨剧的不是别人，正是罗密欧的父亲。就这样，一段注定得不到祝福的恋情拉开了序幕，同时上演的，还有蒙太古与开普莱特家族曾经的恩怨情仇。

　　故事发生在名为“眉难”的高级中学里，由布院烟（梅原裕一郎 配音）和鬼怒川热史（西山宏太郎 配音）是社团“地球防卫部”中的一员，某日，在澡堂里，两人意外邂逅了名为翁巴特（麦人 配音）的神秘生物，翁巴特提出了一个离奇的请求，那就是希望他们能够“守护地球”。                                    
                               　　次日，翁巴特再度现身于校园之中，误打误撞之下，与其说是天真烂漫不如说根本就是一个笨蛋的箱根有基（山本和臣 配音）、爱财如命的鸣子硫黄（白井悠介 配音）、校园超人气男神藏王立（增田俊树 配音），以及由布院烟和鬼怒川热史五个人，成为了为保护地球而战的“变身少年”。