美月（桥本千波 配音）和夕哉（间岛淳司 配音）虽然身为兄妹，却并没有血缘关系，父母的重新结合让两人住到了同一屋檐下。个性有些傲娇的美月对夕哉这个突如其来的“哥哥”态度十分冷淡，但随着时间的推移，美月发现了夕哉善良的一面。 一位名叫寿日和（小仓唯 配音）的幽灵少女出现在了美月的身边，寿日和告诉美月，自己死于一场交通事故并且丧失了记忆，脑海中唯一能够记得的就是自己非常非常的喜欢夕哉。寿日和附身在了美月的身上，希望能够借助美月的身体帮助自己了却夙愿归天成佛，然而，对于被附身之后态度变得十分奇怪的美月，夕哉究竟抱有着怎样的感情呢？
本作的主人公都仓碧是一名大学一年级学生，他在自己曾偶然进入的一家名为“Rainy color”的咖啡店打工。在那里，有很酷的帅哥岩濑启一、轻率的樱木凉太、温和的“Rainy color”的老板古贺西昂，以及很自由奔放的业主天见浩司。就这样，围绕“Rainy color”展开的充满热情的喜剧正式开演。@www.55dys.com
特别会谈后的某天，桐人接到了隶属总务省“假想课”的菊冈诚二郎委托。 那是在枪械与钢铁的VRMMO“Gun Gale Online”(简称GGO)里突然发生的“死枪”事件。 被谜样角色以漆黑之枪的所击中的玩家，在现实世界里也会随之“死亡”……因故欠了人情而无法拒绝帮忙调查的桐人，虽然对于“假想世界”对“现实世界”发生物理影响这件事感到不可置信，但还是登入了“GGO”。 桐人为了寻找关于“死枪”的线索以及对于自身角色变化感到疑惑，而在不熟悉的枪战类型游戏里徘徊。这时对他伸出援手的，是一名习惯使用名为“黑卡蒂Ⅱ”的狙击步枪之少女诗乃。 全新故事就此展开！
有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。 但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。 在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏。眼看着未出局的人数越来越少，柯南如何挽救50个人的性命呢？......
