「我还是第一次看到，有人能将浮游魔法使得如此收放自如。」「这一点也不难，只是大家都没尝试过罢了。」拥有当代社会无法衡量的超规格魔法技术，却保持谦虚态度生活的青年‧亚连，在恩师的委托下，以家庭教师的身分前去指导『用不了魔法』的公爵千金‧蒂娜。面对这名已被无数人放弃的少女，不打算死心的亚连所传授的课程是──「就我个人认为，魔法并不是人类以操控魔力的方式施放，而是向精灵借用力量罢了。」亚连的魔法课程内容颠覆了常识。在谆谆善诱后，亚连解开了封印在蒂娜身上的谜团，而这也是向世界掀起革命的师徒传说开端！
自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」，已过了十多年。觉醒了特殊能力，被称为「猎人」的人们，与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间，其等级也不会再有变化。然而，被称作是人类最弱兵器的程肖宇，在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力，得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务，得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇，为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材，而投身于新的战斗之中。
那天是居住在童话王国的所有精灵们都去参加的一个盛大的庆典，美杜莎等两位巫婆趁机攻击了庆典现场把童话王国变成了灰色石头，包括参加庆典的所有精灵。巫婆把童话王国的神秘力量聚集到一个七彩石头里要把它永远埋没在黑暗当中。珠珠和噜噜因为在家练习表演而晚到了庆典现场，她们从巫婆手里成功抢回秘密石头，但回到现实的过程中又遭到巫婆的攻击，秘密石头被打碎散落在各个地方。受变成石头的童话王国影响，现实世界也变得暗淡无光，珠珠的朋友也都丧失了一切记忆，为了尽快收集秘密花朵胶带恢复童话王国，珠珠和噜噜的冒险就这样开启。
一个叫Humarize的神秘团体坚信怪癖奇点末日理论，该理论认为，当怪癖与后代进一步融合时，这种力量将带来人类的终结。为了拯救每一个人，世界各地的职业英雄们要求训练中的UA学院英雄们协助他们，组成一支世界经典的英雄选拔队伍。在我的英雄学院发生的最危险的危机中，拯救世界和英雄的未来取决于英雄们。
东京召开首脑会议，地点是东京湾的新设施「Edge of Ocean」。这是一座，会议举办的5月1日当天，将动用2万2千人警方人员的超巨大设施。然而不料某天，竟发生了突如其来的大规模爆炸事件！其中，出现了可以掌控全国公安警察的警察厅秘密组织——通称「ZERO」组织的成员安室透的身影。为何不在会议当天，而选择在会议之前引爆呢？以及安室背地里诡异的行为，让柯南感到事情蹊跷不已。这时，现场证物上留下的指纹，竟然与过去所属警视厅的毛利小五郎的指纹相吻合！其中到底有什么阴谋？围绕逮捕小五郎，柯南和安室展开了交战。安室透这个谜一般的存在，究竟是敌是友？「极秘任务」的倒计时，此时已经无声无息地开始了——
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