转职为暗影君王后，程肖宇获得了操纵影子大军的能力。为了治愈生病的母亲，寻找制作“生命神水”的材料，程肖宇独自踏上攻略恶魔域的道路......
世界最强吸血鬼与剑巫少女所编制的故事现在，开幕——！！“第四真祖”——那是本应只存在于传说中的，世界最强的吸血鬼。驾驭着十二只眷兽、播撒灾厄的幻之吸血鬼，出现在了日本。为了监视、抹杀那个“第四真祖”，政府·狮子王机关决定派遣被称为“剑巫”的攻魔师。然而不知为何，被选为监视者的，却是见习中的“剑巫”少女，姬柊雪菜。雪菜携带着专门对真祖使用的最强灵枪，造访魔族特区“弦神市”。在那里遭遇到的“第四真祖”晓古城的真实身份是——！
转学到南葛小学的大空翼是一个热爱足球的少年，他在此结识了石崎、大姐头等一好友，还邂逅了最初的对手修哲小学的若林源三。热爱足球的孩子们齐聚求日本少年足球大赛，大空翼、若林、三杉淳、立花兄弟、若岛津健、日向小次郎等极具天赋的足球少年相继崭露头角，从小学到中学，这群孩子在球场上不断比拼磨练，相互赶超，渐渐成为了日本足球新生代的骨干。他们参加世青赛，远征欧罗巴，与当今世界上各路强者对决，跟昂首阔步迈近了世界杯的赛场…… 本片根据高桥阳一同名漫画改编，囊括“小学生篇”、“中学生篇”、“ジュニアユース篇”、“Road to 2002”等4个部分，共52话。
东京召开首脑会议，地点是东京湾的新设施「Edge of Ocean」。这是一座，会议举办的5月1日当天，将动用2万2千人警方人员的超巨大设施。然而不料某天，竟发生了突如其来的大规模爆炸事件！其中，出现了可以掌控全国公安警察的警察厅秘密组织——通称「ZERO」组织的成员安室透的身影。为何不在会议当天，而选择在会议之前引爆呢？以及安室背地里诡异的行为，让柯南感到事情蹊跷不已。这时，现场证物上留下的指纹，竟然与过去所属警视厅的毛利小五郎的指纹相吻合！其中到底有什么阴谋？围绕逮捕小五郎，柯南和安室展开了交战。安室透这个谜一般的存在，究竟是敌是友？「极秘任务」的倒计时，此时已经无声无息地开始了——
